该论文分为两个部分,两个部分的研究内容都为家犬的东亚起源假说提供强有力的证据。第一部分是灰狼在中国的分布,灰狼(Canis lupus),又称狼,隶属食肉目,犬科,犬属,是世界上分布范围最广的陆生哺乳动物之一。国际上关于狼的研究很多,但中国狼的研究相对较少,尤其是关于灰狼在中国的整体分布格局的报道更是缺乏。关于灰狼在世界的分布,过去的研究一直认为主要集中于欧亚大陆和北美地区,近年来的研究则认为非洲也是有灰狼分布的,所谓的非洲豺(Canis aureus, Linneaus 1758)其实是非洲狼(Canis lupus lupaster)。类似地,关于灰狼在中国的分布,很多西方学者认为灰狼曾经广泛分布在中国,但现在在中国的南方已经灭绝；还有一些学者则认为灰狼从古至今都不存在于中国的南方。而大量关于灰狼过去和现在分布的中文文献都认为灰狼分布于除台湾、海南岛及其他一些岛屿外的所有省区。造成西方学者对灰狼在中国分布范围误解的主要原因,一方面是只有少量的图书描述过灰狼在中国的整体分布格局,而这些图书基本都是中文版的,所以限制了世界科学家对灰狼在中国分布的认识；另一方面目前比较流行的大量的世界灰狼分布地图呈现灰狼在中国的分布范围不包括中国的南方。以上两方面造成相关学者对灰狼在中国的分布存在很大的误解,认为中国的南方没有灰狼。为了证实灰狼在中国的分布地,我们查阅了中国各省区兽类资源、哺乳动物资源调查文献及相关资料,其中一百多篇涉及到灰狼在中国有分布的描述文献表明灰狼分布于除台湾、海南岛及其他一些岛屿外的各省区；根据对陕西动物研究所标本室,昆明动物博物馆,国家动物博物馆的灰狼皮张样品信息收集整理,收集到的皮张样本分布于中国的新疆、西藏、黑龙江、内蒙、北京、陕西、四川、云南、贵州、江西、福建、浙江,证实灰狼在中国的北方和南方均有分布。整合关于灰狼在中国各省区的分布信息,我们证实了灰狼不存在于中国南方这种说法是错误的,灰狼存在于中国的南方和北方。另外,我们还对考古研究进行查阅,目前查阅到的灰狼化石记录不多,从仅有的几个化石记录来看,灰狼从古时候就一直存在于中国南方。本工作中,我们通过对调查文献和化石记录进行查阅,并对皮张样本进行整理,我们得出的结论是：灰狼分布于除台湾、海南及其他一些岛屿外的各省区,中国南方一直是有灰狼分布的。近50年来灰狼的数量有所下降,在东北、西北、内蒙以及西藏等人口密度较小的地区分布较多,在中国南方很多省份也是有分布的,截止到2011年的调查中云南省也是有灰狼分布的。我们调查灰狼在中国的分布是为了支持家犬的东亚起源假说。接下来的这部分工作分析的是澳洲野狗的遗传多样性及系统发育关系,这部分工作也为家犬的东亚起源提供佐证。澳洲野狗的分布并不局限于澳大利亚本土,在中国、缅甸、越南、泰国、菲律宾、柬埔寨、印度、老挝、印度尼西亚、马来西亚及巴布亚新几内亚均有分布。分类学中,澳洲野狗(dingo, Australian wild dog)的分类地位备受争议。有的学者认为澳洲野狗是灰狼的一个亚种,故分类上属于哺乳纲(Mammalia),食肉目(Carnivora),犬科(Canidae),犬属(Canis),灰狼种(Canis lupus),所以拉丁名称为Canis lupus dingo;也有学者认为澳洲野狗是家犬中的一种,故其拉丁名称为Canis familiaris dingo;还有学者认为澳洲野狗是独立的物种,拉丁名称应该沿用Canis dingo (Meyer,1793)。目前关于澳洲野狗的群体遗传多样性和系统进化研究比较滞后。本研究中,我们结合已经发表的澳大利亚澳洲野狗及其灰狼与家犬数据,对采集到的越南的澳洲野狗进行线粒体控制区第一高变区(HVRI) 582bp序列测序分析。统计遗传多样性指数,评估群体的遗传分化来探究澳洲野狗的遗传多样性,遗传分化,进化历史等。经过分析发现所有的澳洲野狗与家犬包含于Clade A、Clade B和Clade C中,尤其是在Clade A中,占到88%的比例,且澳洲野狗与家犬有很多共享单倍型,单倍型A29是东亚家犬中一个重要的单倍型,衍生出多个澳大利亚澳洲野狗特有的单倍型、泰国土狗特有单倍型及越南土狗和两个地区澳洲野狗共享单倍型,由此可见,澳洲野狗起源于东亚家犬,不应被划分为独立的物种。澳大利亚澳洲野狗的单倍型多样度低于越南的澳洲野狗的单倍型多样度,澳大利亚澳洲野狗的核苷酸多样度低于越南的澳洲野狗的核苷酸多样度,澳大利亚澳洲野狗中检验到Tajima’sD、Fu’s Fs显著负值,揭示澳洲野狗到达澳大利亚后可能经历了一个近期迅速的群体扩张。