“十八大”以来，科技创新倍受重视，党的十九大报告特别提出要将科技力量上升到国家战略层次。政府对科研项目的投入不断增加，高等院校作为国家科学研究的生力军，其科学研究逐渐深入到社会各个领域,科研规模不断扩大,在这一背景下，高校科研经费管理逐渐成为各领域共同关注的焦点话题。
　　高校作为准政府组织代表政府行使权力，替政府管理科研专项资金。文章从相对广义的视角把“大政府”作为研究对象，将政府纳入到一个具体的语境之中，从宏观政策和微观管理两个层面对高校纵向科研经费管理中存在的问题提出建议。
　　随着国家对高校科研经费投入的持续增加，高校纵向科研经费管理中的问题层出不穷。目前，多数高校参照行政经费管理办法管理科研经费，科研经费预算设置不合理、到账时间晚、报销难、经费投入产出低效等问题突出，政策规定过细过严，不符合科研规律，管理没有服务于科研，挫伤了科研人员的积极性。随着科技领域“放管服”改革不断深入，国家层面对高校纵向科研经费管理政策不断变化，体制逐渐完善,但新政策以宏观指导思想为主，缺乏可操作性。
　　由于国家层面的高校纵向科研经费管理制度最终落实到各个具体高校，而各高校的具体情况又有所不同。为了深入研究，在熟悉高校纵向科研经费管理国家宏观政策的前提下，本文选定H市市属A高校作为案例进行研究。以公共部门激励理论、新公共服务理论为支撑，分析A高校纵向科研经费相关情况，从科研经费的立项拨款、执行使用、监督评审三个阶段归纳出政府对高校纵向科研经费管理中存在的主要问题并对其原因进行分析。本文通过借鉴美国和德国较为成功的纵向科研经费管理经验，提出政府对高校纵向科研经费管理的优化措施。