【摘 要】
:
研究背景:支气管哮喘是一种发病率高、危害严重的慢性呼吸系统疾病。连锁分析、候选基因研究和全基因组关联研究等方法已发现上百个哮喘相关遗传变异,表明遗传因素在该疾病发生发展过程中的重要作用。然而这些研究主要在欧美人群中进行,且由于疾病异质性、遗传背景差异等因素,研究结果存在不一致问题,只能解释小部分的疾病遗传度,尤其是在中国人群中。探究中国汉族哮喘患者的遗传易感位点,构建汉族人群的哮喘遗传风险分层模型
论文部分内容阅读
研究背景:支气管哮喘是一种发病率高、危害严重的慢性呼吸系统疾病。连锁分析、候选基因研究和全基因组关联研究等方法已发现上百个哮喘相关遗传变异,表明遗传因素在该疾病发生发展过程中的重要作用。然而这些研究主要在欧美人群中进行,且由于疾病异质性、遗传背景差异等因素,研究结果存在不一致问题,只能解释小部分的疾病遗传度,尤其是在中国人群中。探究中国汉族哮喘患者的遗传易感位点,构建汉族人群的哮喘遗传风险分层模型,对于疾病遗传机制的探究以及早期预防具有重要意义。研究目的:本研究拟应用高通量测序技术检测中国汉族哮喘患者的遗传变异,初步探究不同功能基因的变异(包括常见变异和罕见变异)与哮喘的相关性,并进行人群验证,构建哮喘遗传风险分层模型。研究方法:本研究首先通过检索文献和筛选数据库得到211个哮喘候选基因,第一阶段纳入284个哮喘病例和205个健康对照,基于Ion Torrent半导体测序平台进行靶向高通量测序,测序结果进行生物信息学注释、筛选和Sanger测序一代验证,然后进行罕见变异负荷分析和常见变异相关性分析。第二阶段采用Mass ARRAY核酸质谱基因分型方法,对第一阶段新发现的哮喘相关常见变异和35个已知的哮喘易感位点在664个哮喘病例和650个健康对照中进行人群验证,得到分型结果进行相关性分析。并进一步对两阶段人群合并分析,根据发病年龄的不同进行亚组分析,并基于多基因风险评分构建哮喘遗传风险分层模型。研究结果:第一阶段通过筛选验证,我们发现18个可疑致病的功能缺失性变异,包括10个无义突变和8个移码突变,这些变异分布于7.4%(21/284)的哮喘患者中;罕见变异负荷分析发现10个基因的罕见变异可能在哮喘患者中存在更高的变异负荷;相关性分析发现23个常见变异可能与哮喘发病风险相关(P<0.05)。在第二阶段的人群验证中,14个常见变异与哮喘名义相关(P<0.05),7个变异在多重检验校正后有显著相关性(P<9.1×10-4)。两阶段合并分析发现,17个变异与哮喘名义相关,9个变异在多重检验校正后有显著相关性,2个变异(ALOX5,rs28395865;ALOX5,rs4987105)达到全基因组水平显著性(P<5×10-8)。亚组分析发现,与儿童时期发病的哮喘相关的变异显著多于青少年或年轻人发病亚组和成年人发病亚组。基于合并分析中有意义的变异进行多基因风险评分,我们构建了两种危险分层模型:模型1,高危组(风险评分大于14分)和中危组(风险评分10~14分)的哮喘发病风险分别是低危组(风险评分小于10分)的7.2倍(95%CI:4.895-10.648,P=2.071×10-23)和2.3倍(95%CI:1.872-2.828,P=1.905×10-15);模型2,高危组(风险评分大于8分)和中危组(风险评分4~8分)的哮喘发病风险分别是低危组(风险评分小于4分)的6.1倍(95%CI:3.623-10.156,P=7.086×10-12)和2.0倍(95%CI:1.621-2.423,P=2.624×10-11)。结论:本研究首次在中国汉族哮喘患者中进行了较大规模的高通量测序研究,发现了可能与汉族哮喘患者相关的新的遗传变异(包括罕见变异和常见变异),对常见变异进行了人群验证,并构建了哮喘遗传风险分层模型。这些发现为进一步阐明哮喘的发病机制,同时为哮喘遗传风险评估提供了新的证据,研究结果有待进一步独立队列验证和功能探究。
其他文献
经肝动脉化疗栓塞(Transcather Arterial Chemo-Embolization,TACE)是目前治疗不可切除中晚期肝癌的一线临床疗法,栓塞剂在其中起到重要的作用。然而当前栓塞剂普遍存在“流动性-栓塞性困境”。例如,基于碘油的经典化疗栓塞(C-TACE)是目前评价栓塞治疗效果的“金标准”。尽管碘油具有良好的流动性,可弥散到肝癌末梢血管网,但其栓塞强度低,导致血供复通。为了解决这一问
目的:AT丰富结构域1A(ARID1A)基因染色质重塑复合物SWI/SNF最重要的亚基之一,也是胃癌中最常见的突变基因之一。然而针对ARID1A基因在肿瘤发生的初始阶段中的研究甚少,包括TCGA在内的各大数据库中40岁以下的早发胃癌(EOGC)病例数屈指可数。因此,迫切需要系统性探究ARID1A在EOGC这一独特的临床模型中的遗传变异和蛋白变化以揭示ARID1A的未知作用。方法:采用深度靶向高通量
油菜是世界上最重要的油料作物之一,对油菜含油量及菜籽油品质的遗传改良研究具有现实意义。农作物很多农艺性状都属数量性状(Quantiative Trait Loci,QTL),数量性状受多基因调控且易受环境的影响。数量性状位点定位(QTL Mapping)是研究数量性状的经典方法,本研究在课题组前期构建的一张以SNP为主要标记的高密度遗传连锁图的基础上,以KN DH群体(父本为低芥酸高硫苷含量的春性
分析住宅建筑健康设计的影响可以发现,住宅设计中安全健康因素起着越来越重要的作用,老百姓关注的焦点由以往的得房率、超级户型转变为如何住得更安全、健康、放心。鉴于此,文章从住区规划、室内功能、景观设计、绿色健康智能四个方面深入阐述了人居环境的新需求。
高清监控摄像头已经广泛地部署在城市各处,极大地方便了城市管理、保障了社会稳定。这些监控摄像头虽然采用视频编码标准大幅度压缩视频数据量,但是其庞大的数据量仍然给现有的存储系统带来了巨大的压力。此外,近年来基于深度学习的自动视频分析技术发展迅猛,然而其复杂的网络模型结构导致了高昂的计算开销,使得系统处理速度不足以支持海量监控视频的实时分析。因此,高效处理海量监控视频具有重要的研究价值和应用前景。监控摄
阿尔茨海默病、帕金森病和抑郁症等神经类疾病在人群中的比例越来越大。目前用于治疗神经疾病的药物常常具有较强毒副作用,寻找具有神经保护作用且安全的食品及源于食品的天然活性成分,成为开发防治神经疾病药物或功能食品的热点。国内外研究表明,药食两用植物玛咖(Lepidium meyenii Walp.)具有神经保护作用潜力,但其活性物质基础及作用机理不清楚。本文旨在研究玛咖根茎对皮质酮(Corticoste
基于模块化多电平换流器(Modular Multilevel Converter,MMC)的柔性直流输电技术能够解决常规交直流输电技术在新能源大规模并网时存在的固有缺陷。随着清洁低碳能源体系的构建,采用柔性直流输电技术的大规模远距离新能源外送系统得到了迅速的发展。以我国为例,在“碳达峰、碳中和”的绿色能源目标推动下,近三年来跨区域的柔性直流工程纷纷投产送电(2020年±500k V张北柔直电网工程
目的:延伸突触结合蛋白-3(Extended Synaptotamgin 3,E-Syt3)是C2结构域蛋白家族的一个成员。关于E-Syt3在能量平衡调控,及下丘脑与能量平衡调控相关的神经元中的作用目前还研究不多。本研究试图初步回答这一问题。方法:利用细胞培养和基因工程小鼠模型,结合分子生物学、药理学、组织学(免疫组化、免疫荧光和透射电镜技术),及能量代谢表型分析等方法,研究E-Syt3在下丘脑表
物联网技术旨在实现万物互联的网络,因此终端设备,包括传感器、智能设备等层出不穷。然而由于终端设备往往具有较低的计算能力和较低的存储容量,以及有限的电池容量,在其上进行数据分析是不太现实的。在这样的物联网大数据环境下,通过引入云计算技术,可以解决数据处理的问题。通过云计算作为纽带,有望实现物联终端到智能应用的落地。然而云平台资源也不是取之不尽用之不竭的,并且物联终端与云平台之间海量的数据传输给通信链
二维排样问题广泛存在于各行各业中,如皮革、金属切割、制衣和家具等行业。二维排样问题的目标是在一个给定几何图形上不重叠的放置更多的小图形,使得几何图形的利用率最高。此类问题属于NP完全(Non-deterministic Polynomial Complete)问题,随着问题规模的变大,计算复杂度呈指数增长。如何在较短的时间内获得比较好的排样方案是二维排样优化问题的关键点和难点。本文对三类典型二维排