应用于甜瓜DUS测试分子图谱的构建及遗传多样性分析

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甜瓜DNA指纹图谱库的建立对甜瓜品种纯度及真实性鉴定、新品种权保护等有非常重要应用价值,甜瓜遗传多样性的分析对杂种优势群划分、种质创新及新品种选育也有非常重要的指导意义。SSR标记被认为是指纹图谱构建最理想的标记。本研究利用SSR标记对PCR扩增反应体系进行了优化,初次探讨了多重SSR-PCR扩增体系在甜瓜上的可行性,旨在提高鉴定效率及节省时间。在此基础上,利用13份遗传差异大的甜瓜种质进行核心引物的筛选,并通过核心引物对甜瓜种质进行指纹图谱构建、遗传多样性分析以及对甜瓜杂交组合进行纯度鉴定,主要研究结果如下:1.对PCR扩增体系中的模板DNA、dNTPs、引物、Taq酶及Mg2+的浓度进行梯度设计,得到了最优PCR扩增体系,同时建立了适用于甜瓜的双重SSR-PCR扩增体系,使得SSR检测效率提高了2倍,节省了成本。2.从174对SSR引物中筛选了22对核心引物,在13个甜瓜种质中共扩增了77个多态性位点,每对引物可以检测到2~4条数目不等的多态性条带,平均为3.5条,多态性信息含量(PIC)为0.737~0.839,平均0.806,22对引物中有18对分布在甜瓜的10对染色体上。3.利用22对核心引物构建了52份甜瓜种质的指纹代码,并将其全部转化为二维编码,其中有7组具有相同指纹代码的材料,总共涉及23份材料,其余29份甜瓜种质的指纹代码是唯一的。4.基于20个形态性状的聚类分析结果显示,遗传相似系数为0.07~0.72,平均为0.39,遗传相似系数大于0.07时,所有甜瓜种质可划分为9大组群,且组群Ⅰ至组群Ⅳ的多样性偏低,组群Ⅴ至组群Ⅸ的甜瓜种质遗传多样性依次增高。5.基于22对核心引物聚类分析结果显示,遗传相似相系数在0.55~1.00,平均为0.78。当遗传相似系数大于0.55时可将95份甜瓜种质分为薄皮甜瓜和厚皮甜瓜两大类,同时这两大类又可按不同变种分为不同的亚类。6.用74对SSR引物对16个甜瓜组合进行筛选,获得了10对表现出多态性和共显性的引物,通过这些引物的不同组合可以将16个杂交组合鉴定出来,为保护知识产权及实际应用提供了有力支撑。
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