中国以非均衡战略促进部分城市发展,以致城市间经济差距较大,在对落后地区政策倾斜后,经济差距仍不见缩小,并且东部发达城市出现“城市病”现象。本文尝试通过研究城市生产率差异来源,来解释这样的现象,并试图提出合理的中国城市发展策略。国内外有不少文献从城市人口规模角度切入研究集聚效应、选择效应来解释城市生产率差异来源。但大多文献只限于从制造业总体上探讨集聚效应、选择效应的存在性问题。本文首先不再从城市人口规模着手,而是把三种集聚外部性指标(专业化、多样化、竞争)作为切入点,研究不同类型的集聚外部性和选择效应,这里的选择效应是指,相对于低生产率企业,高生产率企业主动选择或被动选择到产业专业化程度高、产业多样化程度高或者企业竞争激烈的城市。相对现有文献通常只讨论集聚效应和选择效应的存在性,本文的研究更为深入。其次,相比于基于生产率分布图的“左截断-右移动”模型,本文采用半参数方法建模,能够用数值进行分析,结果会更加直观。再者,以往文献大多将制造业作为一个整体研究,而本文将分行业研究各行业的不同特性。基于以上考虑,本文采用1999-2013年工业企业数据和中国城市层面数据进行了实证研究。首先,本文拓展了LP方法,估计了集聚外部性对企业生产率的作用。其次,得到剔除集聚效应后的企业原始全要素生产率,并基于城市层面上原始全要素生产率的10、50、90分位值,构建模型识别选择效应的存在。最后,通过计算弹性,比较分析集聚效应和选择效应对城市制造业生产率差异的影响大小。研究结果表明,集聚效应、选择效应对城市制造业生产率差异均有影响,该结论证实了在以往基于新经济地理学理论忽视微观主体异质性的研究可能高估了集聚效应的好处。同时,集聚效应、选择效应对城市制造业生产率差异的影响具有行业差异性。进一步地,从三类集聚外部性指标来看,专业化集聚外部性对多数制造业部门在城市间生产率差异的影响小于选择效应;多样化集聚外部性和选择效应在不同行业中有所差异,资本密集型和技术密集型产业在城市间生产率差异主要来源于城市产业多样化集聚外部性,劳动密集型产业城市间生产率差异主要来源于选择效应,即劳动密集型产业高生产率企业主动选择(被动选择)到产业多样化集聚程度高的城市中;在竞争外部性指标上,大多数制造业部门城市间生产率差异来源于选择效应,即高生产率企业主动选择(被动选择)到竞争激烈的城市中。分三种类型产业来看,劳动密集型产业城市间生产率差异主要来源于高生产率企业主动选择(被动选择)到产业专业化程度高、多样化程度高、竞争激烈的城市,以及产业专业化外部性。资本密集型和技术密集型产业城市间生产率差异主要来源于高生产率企业主动选择(被动选择)到专业化程度高、竞争激烈的城市,以及多样化外部性。根据本文研究结论,在城市产业集聚发展方面,由于此前研究过高估计集聚效应作用,夸大集聚效应的好处,各城市可能盲目扩大产业集聚规模,忽视集聚质量,各地政府在制定政策时应注意适度发展产业集聚以及促进集聚效应真正发挥作用;对欠发达地区而言,政府应该重视选择效应对自身的弊端,提升自身优势,结合自身经济基础,制定合理的引导政策。