“看病难,看病贵”的现状一直是当前医改面临的大问题、难问题。基于此,政府在《医药卫生体制改革近期重点实施方案(2009—2011年)》中明确提出初步建立国家基本药物制度,在随后又出台了《关于建立国家基本药物制度的实施意见》、《国家基本药物目录管理办法(暂行)》和《国家基本药物目录(基层医疗卫生机构配备使用部分)》(2009版)等。国家基本药物制度首先在政府举办的基层医疗机构实施,主要包括国家基本药物目录遴选调整、生产供应保障、集中招标采购和统一配送、零差率销售、全部配备使用、医保报销、财政补偿、质量安全监管以及绩效评估等相关政策办法。国家基本药物制度推行至今已经快三年时间,一方面取得了初步效果,但另一方面在推行过程中也面临着诸多问题。笔者就目前基层医疗机构实施基本药物零差率政策后产生的收支差额补偿问题进行分析探讨。采用文献调查法,对目前国内各地基层医疗机构零差率政策补偿机制进行汇总和分类。运用因素分析法和对比分析法,将补偿机制从基层医疗机构资金管理方式、补偿模式和筹资渠道三个方面进行比较分析,得出三者结合的最佳补偿机制,即采用“收支两条线”的资金管理方式,实施多头补偿模式并以个人补偿和“以奖代补”辅助补偿模式,补偿资金由政府财政、保障部以及患者三方面共同负担。在此补偿机制的基础上,笔者从如何提高基层医疗机构医疗人员积极性、如何支付医保结余资金以及如何确定患者补偿资金等三个方面给出建议。