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目的：分析重庆市2009年、2010年甲型H1N1流感的流行特征和其确诊病例的临床资料，探讨病例的临床特征及影响因素，为制定防控策略提供科学依据。方法：对重庆市甲型H1N1流感的流行情况，流感样病例（ILI）的流行情况及聚集/暴发疫情进行描述性流行病学分析；对重庆市甲型H1N1流感确诊病例进行临床特点分析，用Logistic回归和多元线性回归分析并发症和热程的相关影响因素。结果：2009年4月至2010年11月，重庆市共报告甲型H1N1流感3239例（发病率11.51/10万），死亡3例（病死率0.09%）；首例病例出现在2009年6月13日，最后一例病例在2010年3月4日；期间两个发病高峰分别是：2009年9月1日～31日和2009年10月11日～11月10日。报告病例数居前三位地区分别是渝中区、巴南区、永川区。发病年龄以10～20岁年龄组为主（67.74%），职业以学生为主（83.20%）。2009年4月至2010年11月，重庆市7所哨点医院监测流感样病例（ILI）32095例，占门诊就诊病例的1.47%。哨点医院共采集ILI标本7541份，流感病毒检测阳性率为23.29%；阳性毒株中甲型H1N1型占51.08%，为优势毒株。主城监测点与郊县监测点的检测阳性率差异有统计学意义。全市共报告507起流感聚集/暴发疫情，共报告发病8705人；2009年9、10月为暴发疫情高发期；疫情发生数居前三位的地区是巴南区、南岸区、长寿区和南川区；96.25%疫情发生在学校。病原学监测显示：经实验室证实的439起疫情中，甲型H1N1流感聚集/暴发疫情占73.02%。重庆市2077例甲型H1N1流感病例平均年龄是15.41岁，6～18岁占76.02%；男：女为1.37:1。职业以学生（中小学）为主；超重和肥胖病例分别占5.95%和0.89%；有慢性基础疾病史的病例占1.70%；4.53%病例有季节性流感的预防接种史；2.99%病例曾预防用药。95.43%病例出现发热症状，体温平均为38.68±0.62oC，热程为在0～19天之间，中位数为2天；18个其他临床症状中出现咳嗽、咽痛、头痛、乏力和流涕症状的病例比例较高。住院病例占15.60%，其实验室检查主要表现为白细胞和粒细胞下降，AST、CK、CK-MB升高，肺部纹理增多及炎症表现。1.44%病例出现并发症，而且均发生在住院病例中，其影响因素包括BMI、慢性基础疾病、热程、咽痛、咳嗽时长和扁桃体肿大。治疗类型和并发症对热程的长短有影响。结论：重庆市甲型H1N1流感的防控工作重点应以学生为主，流感监测体系应不断完善。甲型H1N1流感临床表现与普通季节性流感一致。不同的治疗类型是热程的危险因素，但并发症的出现对热程具有保护作用。肥胖和有慢性基础疾病史的人群是甲型H1N1流感的高危人群；热程、咳嗽时长和扁桃体肿大程度是出现并发症的危险因素；咽痛对控制并发症有保护作用。