证据不足不起诉制度是我国刑事诉讼法明文规定的三类不起诉制度之一,它是检察机关依其追诉职权作出的不起诉决定,是对案件的程序性处分,使诉讼程序相对终止。证据不足不起诉制度使得宪法中规定的“国家尊重和保障人权”在刑诉中得以体现,提高诉讼效率,是无罪推定、疑义有利于被告等原则的体现。我国1996年修改后的《刑事诉讼法》确认了证据不足不起诉制度,然而,由于法条规定上存在模糊和疏漏,以及实践操作中的偏差,证据不足不起诉制度的价值未得到充分展现,因而,有必要就证据不足不起诉制度在实践中产生的问题及原因进行分析。本文从一个证据不足不起诉导致冤案的案件出发,引发对该制度的思考,并分五部分进行分析。第一部分是对证据不足不起诉制度的理论界定,阐释了证据不足不起诉(实践中通常称为疑罪)的含义及相关概念的区分,分析其性质,并介绍了该制度从古代、近代直至现代的发展演变过程。第二部分阐述了证据不足不起诉制度的理论基础,它体现了国家尊重和保护人权的要求,避免被告人、犯罪嫌疑人在证据不充分时被定罪量刑；它体现了效益原则的要求,是刑事诉讼的过滤机制,使一些证据标准达不到法定要求的刑事案件在审查起诉阶段即告终结；它体现了无罪推定原则、疑义有利于被告原则,符合证明标准理论的要求。第三部分介绍了大陆法系国家(德国、法国、日本)和英美法系国家(英国、美国)对证据不足不起诉制度的规定,提出值得我国借鉴的制度,如检察引导侦查制度、辩诉交易制度等。第四部分总结了证据不足不起诉中存在的问题,并对其原因进行分析。存在的问题有：《刑事诉讼法》中第140条的规定具有争议性,检察院退回补充侦查次数不确定；新证据发现后重新起诉是否构成双重危险；公诉向自诉转化的过程中,被害人分割了公诉机关的起诉权,且自诉制度实质上并不能保护被害人的权利；检察机关对大部分案件以撤回案件的方式代替不起诉决定,使公安机关丧失了复核、复议权,检察机关丧失了法律监督权,两者之间的相互制约作用减弱；侦查机关对证据不足的案件如何处理,法律没有做出明确规定,导致疑罪从挂或勉强移送公诉机关,容易引发冤案；在错案追究制度下,司法机关工作人员为了自身利益,极力追求法院的有罪判决,违背该制度设立的初衷。第五部分提出完善证据不足不起诉制度的建议,对法律规定模糊和疏漏之处进行改正,改“公诉转自诉”为“自诉启动公诉”,借鉴辩诉交易制度,提高司法机关工作人员的整体素质和执法水平。