铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)是我国兰科(Orchidaeeae)石斛属(Dendrobium)的珍稀濒危特有种，具有滋阴清热、生津益胃、润肺止咳、抗癌防老等功效，应用历史悠久。近年来，“铁皮枫斗”保健品和新药得到大规模开发，铁皮石斛野生资源遭大量采挖，日趋匮乏。 本文通过开发铁皮石斛特异的微卫星标记为揭示铁皮石斛居群遗传特征以及开展保护遗传学研究奠定基础，通过ARMS技术鉴别了铁皮石斛及其9种枫斗类石斛的相似种。 微卫星DNA(Microsatellite)又称SSR(Simple Sequence Repeat)，是目前在分子遗传学领域应用最为广泛的分子标记之一，具有多态性高、重复性好、共显性遗传、易于操作等特点，在植物种质资源鉴定、居群的遗传多样性研究、数量性状基因QTt，定位等方面中发挥着重要作用。本文重点探索铁皮石斛微卫星富集文库的构建和条件优化，对目前开发微卫星分子标记较为有效的磁珠富集法进行了一系列改进，极大提高了微卫星标记的开发效率。具体分离步骤如下：以Sau3AⅠ酶切基因组DNA，加上接头并用接头引物进行PCR，以生物素标记的(AG)8和(AC)15两个探针于不同杂交温度分别与之杂交，再通过亲和素包被的磁珠进行富集和洗脱；对洗脱产物进行PCR，最后对PCR产物克隆测序，最终于分离到的38条微卫星序列得到12条具多态性的微卫星标记。 突变扩增阻滞系统(Amplification Refractory Mutation System，ARMS)是一种主要用于突变位点检测和基因分型的技术，由于其方便稳定，便于检测的特点，在物种检测中同样发挥了重要作用。本文根据铁皮石斛ITS序列上的两个特异性位点设计了ARMS鉴别引物，通过引入人工突变增强反应的特异性，成功鉴别了铁皮石斛及其9种铁皮石斛相似种。