在传统国际法上自卫权一直被认为是国家固有的一项权利，各国可以只根据自己的判断行使自卫权，并且不受其他任何国家或国际组织的限制，也无需他们的同意。而现代国际法上，建立了现代集体安全制度，该制度以联合国为核心，目的在于保障国际和平与安全，促进人类社会的发展。自卫权被纳入到现代集体安全机制中，成为了禁止使用威胁或武力原则的例外情形之一，现代集体安全制度还对自卫权作出了一定限制，包括实体性限制和程序性限制：实体性限制包括行使自卫权的主体、对象、范围以及程度需有一定要求；程序性限制包括自卫权只能在联合国安理会采取一定措施之前行使，还包括行使自卫权的主体应将自卫权的手段向安理会报告。索马里海盗是当今国际社会的热点问题之一，各个国家、国际组织以及国际法学者对此都高度重视，索马里海盗的危害越来越大。2008年6月联合国安理会通过了第1816号决议，号召有能力的国家派出军舰前往亚丁湾、索马里海域执行护航任务，在必要时可以采取武力措施，以保护经过亚丁湾索马里海域的各国商船、渔船或进行国际人道主义救援的船只的安全航行。武力护航的法律基础包括国际法和各国国内法的规定，国际法主要有国际公约、安理会决议、索马里过渡联邦政府的同意等。同时，在具体的护航实践中，还可以适用现代国际法上关于自卫权的规定来打击索马里海盗。本文主要分析了安理会1816号决议作出前后，各国和国际组织适用自卫权打击索马里海盗的联系与区别，以及具体实践。自卫权在打击索马里海盗中的适用对现代集体安全制度既有积极的影响，也有消极的影响，这些影响都将促进以联合国为中心的现代集体安全制度的改革，其改革中的一项重要内容就是从实体方面和程序方面来完善自卫权的国际法规定。现代集体安全制度的不断发展和完善将更利于维护国际和平与安全,对于打击索马里海盗来说，适用更多合适的相关国际法，加强现代集体安全制度下的国际合作，充分发挥各个国家、联合国以及其他国际组织的作用，促使索马里地区的海盗问题尽快得到解决。