m6A甲基化调节基因对肝癌的预后、进展及肿瘤微环境的作用

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目的:探索m6A甲基化调节基因对肝癌患者的预后的影响。方法:从TCGA数据库下载并提取371例肝癌患者RNA-seq和临床资料的数据。利用wilcoxon检验分析18个已公认的m6A甲基化调节基因的差异表达,同时利用spearman法计算m6A调节基因相互之间的相关性,并通过富集分析确定其生物学功能。运用Lasso-Cox回归建立一个由m6A调节基因构成的肝癌预后风险模型。计算每个患者的风险评分并以其中位值将所有患者分为高、低风险两组同时进行Kaplan-Meier生存分析,使用ROC曲线检验此模型的敏感性和特异性,使用单因素和多因素Cox回归检验此模型的效能。使用CIBERSORT算法计算每个肝癌样本的肿瘤微环境中22种白细胞亚型的免疫浸润丰度,并预测其与m6A相关风险模型之间相关性。结果:本研究共纳入分析了18个m6A甲基化调节基因,其中16个基因存在差异表达。相关性分析提示m6A调节基因之间的共表达大多数为正相关。5个m6A调节基因METTL3、IGF2BP3、YTHDF2、YTHDF1和ZC3H13通过Lasso-Cox回归模型被筛选出来用于构建预后风险模型。与低风险组相比,高风险组的总体生存率明显较低(P<0.0001)。1、3、5年ROC曲线中AUC值分别为73.7%、69.7%、65.4%,说明该预测模型有效。单因素及多因素Cox回归分析结果有统计学意义,且多因素COX回归分析中HR值为3.1(p<0.001),说明该风险模型是影响肝癌患者预后的独立预后因素。免疫浸润分析得出高风险组通过降低肝癌肿瘤微环境中B细胞、NK细胞浸润丰度,同时增加M2巨噬细胞的浸润丰度,来促进肝癌的进展。结论:m6A甲基化调节基因METTL3、IGF2BP3、YTHDF1、YTHDF2、ZC3H13可以构建预后风险模型来预测肝癌患者的OS。
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