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目的:缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)是一种十分常见的脑血管疾病,是全世界尤其是发展中国家致死和致残的主要原因。与IS有关的生物标志物大多是与其病理过程有关的各种蛋白质,然而由于传统生物标志物的不稳定性,目前主要使用基因表达变异作为疾病的早期诊断和预测指标。长链非编码RNA(long noncoding RNA,lnc RNA)作为表观遗传修饰因子广泛参与基因转录调控,通过与其靶向m RNA的共表达调节疾病的发生发展。本研究拟通过鉴别IS中lnc RNA和m RNA的表达谱,以及它们参与疾病的基因表达调控方式和影响疾病发生中的机体代谢调节通路,为IS病理生理过程中的生物学功能和调控机制研究提供理论基础。方法:选取2017年7月至2017年12月在吉林大学第二医院首次被确诊的3名缺血性脑卒中患者(A1,A2,A3)和3名对照(D1,D2,D3),收集年龄、吸烟、饮酒和相关慢性病患病情况等信息,并留取住院次日清晨空腹静脉血3ml,使用TRIzol试剂提取RNA进行高通量测序。采用Ballgown进行差异表达分析,采用Pearson相关系数法分析lnc RNA与m RNA的表达相关性,通过R软件GO seq包进行差异lnc RNA靶基因的基因本体论(Gene Ontology,GO)富集分析,通过KOBAS进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集,基于STRING数据库构建蛋白互作网络。使用Cytoscape软件绘制网络可视化图形,使用Clue GO对差异表达的m RNA构建GO/KEGG途径功能分类网络。结果:1.高通量测序结果显示,与缺血性脑卒中相关差异表达的lnc RNA有5个(4个上调,1个下调),差异表达的m RNA共144个(70个上调,74个下调);2.Lnc RNA-m RNA共表达网络包含946个节点(node)和1009条连线(edge),lnc RNA ENST00000574212.1具有最多共同表达的m RNA,是网络中最重要的lnc RNA,构成共表达网络的核心调控模块;3.差异表达lnc RNA的靶基因GO条目富集分析共得到显著性富集的166个GO条目,其中Biological process条目113个,Cellular component条目34个,Molecular function条目19个;4.单纯疱疹感染(Herpes simplex infection)、甲型流感(Influenza A)、RIGI样受体信号通路(RIG-I-like receptor signaling pathway)和m TOR信号通路(m TOR signaling pathway)是差异表达的lnc RNA靶基因在KEGG分析中显著性富集的通路;5.差异表达lnc RNA靶基因的蛋白互作网络共包含417个节点(node)和810条连线(edge),EP300和NFKB1是最重要的调节蛋白表达的因子;6.人白细胞抗原(HLA)家族中HLA-DQB1,HLA-DQA1和HLA-DRB5是在差异表达m RNA基因的Clue GO途径网络中重叠的关键基因。结论:1.与缺血性脑卒中相关的5个差异表达的lnc RNA可能通过影响机体免疫及炎症相关通路参与疾病发生的调控机制;2.EP300和NFKB1基因是与缺血性脑卒中显著相关的调控因子,调节蛋白间表达的相互作用,是未来分子生物学机制研究的重点内容;3.HLA家族的基因可能通过介导Th17细胞分化、炎症性肠病和哮喘途径参与调控缺血性脑卒中的发病机制。