污染环境罪在保护法益、非法处置行为、罪过形式和既遂形态等方面存在理论分歧和适用标准不一的情形。在保护法益方面,应采取生态中心法益说。该学说具有辩证性,其追求的是人与自然的和谐相处,只是在刑法中侧重于以环境法益受到侵害作为构成犯罪的标准。这与刑法第338条、整个刑法体系以及环境法律法规的理念与规定相一致,也符合环境治理的基本发展规律。为探讨非法处置行为、罪过形式和既遂形态指明方向。在非法处置行为方面,“非法处置”是指违反国家规定处理或利用有害物质的行为。同时,基于排放、倾倒的含义局限性,以及环境污染刑事立法和行政处罚内在统一性,“非法处置”应当具有兜底性。因此,非法处置行为在司法认定上需要满足将有害物质置于自然环境和造成严重污染环境的结果两个条件,排除虽然实施了非法处置行为但不会对环境造成严重污染的情形。在罪过形式方面,应采用故意说,既遵循罪刑法定原则和罪责刑相适应原则,又与环境法律法规相衔接。因此,故意污染环境罪在司法认定上则要求行为人对有害物质的性质与不当处理具有判断,而对侵害严重污染环境的后果持希望或者放任态度的认定,则要根据具体情况而定。在既遂形态方面,应将污染环境罪界定为结果犯。刑法第338条明确规定“严重污染环境”,即环境质量显著下降,属于结果要件。而《环境污染解释》则规定了18种情形,其中:第10、12、13项是造成环境污染的直接描述,与刑法条文一致;第1至5项、第7至9项和第14至17项虽然是行为或人身财产损害结果的表述,但应结合刑法本条进行解释,因此依然需要导致环境污染的结果,这些表述则是“严重”程度的判断标准;第18项则是我国立法常见的兜底性条款,而第6项虽然存在一定的立法缺陷,但整体而言,本罪应当属于结果犯。