近年来,我国出台多项政策文件对“双一流”建设进行了全面部署,提出了加快高等教育治理体系和治理能力现代化的总体目标,将完善高校内部治理结构作为高等教育改革任务之一。民办高校是国家高等教育体系的重要组成部分,而内部治理结构问题是影响民办高校可持续健康发展的根本性问题。民办高校必须在良好的内部治理结构环境下,深化内涵建设,从而参与和推动“双一流”建设。现阶段,我国民办高校已由注重规模效益的初级阶段,向注重质量内涵的规范化阶段进行转变,但在内部治理结构方面仍存在较多问题,制约了民办高校长期稳定发展。在“双一流”建设背景下,民办高校必须优化内部治理结构,提升治理能力现代化水平,加强内涵建设,提升核心竞争力,保障民办高校在激烈的高等教育市场竞争中生存发展并脱颖而出。本文在分析民办高校内部治理结构概念的基础上,选取N学院为样本,运用利益相关者理论对其内部治理结构现状进行研究,主要对学校内部组织结构、各利益主体之间的互动关系、各权利主体以及运行机制情况进行分析。通过调查研究得出,该学校存在章程建设不够完善、决策机制不完善、校长履职能力受限、学术权力受到行政权力压制、二级学院自主办学权不足、民主监督管理机制运行不畅、利益主体参与学校内部治理意识淡薄、缺乏对合作办学方监管的有效机制等问题。通过借鉴美国和日本私立大学的治理经验,运用利益相关者理论,结合N学院实际提出了优化其内部治理结构的原则,从治理理念、章程建设、民主决策机制、权力配置与制衡机制、监督机制与激励机制等方面提出优化路径,在理论上构建了利益相关者共同治理内部治理结构模型,并总结出内部治理结构优化对于民办高校推进“双一流”建设的预期效果。