国家实施海洋控制权与海洋自由理论之间的竞争是海洋法的永恒主题，以往国家实施海洋控制权的目的是维护国家自身的利益和安全，晚近其目的被升华为维护海洋安全。海洋安全中的一个重要组成部分即海洋环境安全，因此航行权与海洋环境管辖权的冲突是海洋自由与海洋安全冲突的一个重要表现。　　鉴于此，本文根据协调措施的理念基础不同，将其归纳为基于法律拟制区域的协调机制和基于生态系统的协调机制两类，通过对这两类协调机制的研究和比较，并针对争议海域内航行权与海洋环境管辖权冲突的特殊性，提出不能任由划界争议阻碍维护生态系统可持续发展的步伐，而基于生态系统的协调机制恰好可以满足尚未完成划界的争议海域的特殊需求，在南中国海建立特别敏感海域便是对这一结论的落实。除绪论和结论外，本文的正文包含五个章节。　　第一章提出问题，阐明航行权与海洋环境管辖权冲突的动因和设计协调机制的难度，厘清强化海洋环境管辖权的趋势与航行全球化张力的来龙去脉，表明协调冲突的必要性和协调机制与时俱进的必要性，根据协调理念的不同，归纳出两类协调机制。　　第二章介绍和评析基于法律拟制区域的协调机制。该机制以各国长达九年的马拉松谈判所达成的微妙博弈为背景，以法律拟制的海洋区域为制度基础，为每个海洋区域“量身定做”其专属的航行权和海洋环境管辖权制度，适用各自不同的具体协调方案。虽然该机制在强化海洋环境管辖权方面具有开创性，但是这种强化并不彻底，而且该机制不符合生态系统管理的环境保护理念，无法协调跨海洋区域的冲突和争议海域内的冲突。　　第三章和第四章介绍和评析基于生态系统的协调机制。该机制的理念来源于生态系统系统管理理论，以海洋保护区为制度基础，不以目标水域法律地位的明确为前提，在特定区域内适用特殊的协调方法，摆脱法律拟制的海洋区域对海洋环境管辖权所带来的不必要束缚。国际海事组织海洋保护区制度是该机制的具体表现，通过MARPOL特殊区域、排放控制区和特别敏感海域制度的详细分析，可以看出特别敏感海域制度的明显优势。　　第五章探讨在争议海域内如何协调航行权与海洋环境管辖权的冲突。基于生态系统的协调机制的优势恰好可以满足争议海域内这一冲突的特殊性。以南中国海为例，“共同保护”原则比“共同开发”更具有“正义性”和“亲和力”，可以作为南中国海困局的新突破口，以“南海三层级论”为法律基础，在南中国海建立特别敏感海域，不仅符合人类发展的长远利益，也有利于中国凭借自身在科学技术和海上执法能力方面的相对优势，发挥负责任大国的作用。根据南中国海的生物多样性丰富度、受人类活动影响程度和航运密集度等三方面数据，运用物理海洋学的方法绘制出南中国海特别敏感海域选址图，为在南中国申请建立特别敏感海域提供参考。