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研究背景:2008年安徽阜阳突现大量聚集性重症手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)病例,截至当年5月9日死亡22例,随后HFMD被纳入中国丙类传染病管理。2009～2012年中国大陆地区HFMD报告发病和死亡数均居丙类传染病之首;其中部分省份报道HFMD病例病原谱构成中,非肠道病毒71型(Enterovirus A71,EV-A71)和非柯萨奇病毒 A 组 16 型(Coxsackievirus A16,CV-A16)的肠道病毒(Enterovirus,EV)所占比例超过EV-A71或CV-A16,成为HFMD优势病原,逐渐引起关注。研究目的:通过本研究阐明2013～2015年我国重症HFMD的流行病学特征及病原构成,为制定我国重症HFMD防控政策和EV-A71疫苗预防重症HFMD的免疫策略提供科学数据;同时阐明引起HFMD的病原之一CV-A2在中国的基因型分布情况和基因进化特征,为我国CV-A2相关疾病的防控提供病毒学依据。材料与方法:筛选我国法定传染病报告系统中发病日期在2013～2015年期间的重症HFMD病例,按地理分布分析我国不同区域重症HFMD的流行病学特征及病原构成,同时对中国HFMD三级实验室网络鉴定出的CV-A2代表性毒株,通过VP1区靶基因的序列测定和分析进行CV-A2基因型别鉴定,并使用BioEdit和MEGA软件分别进行基因同源性和进化分析。研究结果:1.2013～2015年期间中国大陆地区共报告重症HFMD病例44754例,重症HFMD发病率为1.10/10万。重症HFMD病例主要集中在0-3岁(91.35%)儿童,其中以1～岁组(40.70%)儿童发病率最高;男/女性别比为1.72:1;发病人群以散居儿童为主(87.02%)。不同地区的HFMD流行强度以及HFMD发病高峰起始时间不同,结果显示我国华南、华东、西南、华中地区在2013～2015年期间HFMD流行强度大,发病高峰起始时间在3月,而华北、西北地区HFMD流行强度中等,发病高峰起始在4月,东北地区HFMD流行强度最小,发病高峰起始较晚,在5月。2.在44754例重症HFMD病例中,21425例有实验室病原学检测结果,结果显示,EV-A71仍是引起我国大陆地区重症HFMD的绝对优势病原,2013～2015年期间EV-A71检出率为51.45～70.94%;但同时发现在部分地区HFMD重症病例中其他EV检出率高于EV-A71或CV-A16。其中2013年东北和华南地区其他EV检出率分别为63.37%和51.52%,2015年东北、华南、华北、西北4地区其他EV检出率分别为65.96%、54.60%、59.74%和50.69%,其他EV成为了当地重症HFMD的主要病原。3.本研究对2011～2015年54株CV-A2代表株VP1序列和在GenBank上下载的2008～2015年中国大陆51株VP1序列进行同源性分析,发现中国大陆本土 105株CV-A2的核苷酸序列间同源性在79.6%～100%之间;对不同年份核苷酸序列做同源性分析,2008～2009年序列与2011～2015年序列同源性在87.5～88.4%,2011～2015年序列间核苷酸序列同源性在94.4～97.0%。4.基于CV-A2的VP1编码区全长基因构建亲缘关系树,发现中国大陆CV-A2毒株属于B和D基因型。本研究中获得的54株CV-A2毒株VP1编码区核苷酸序列间同源性为91.7～100%,均属于D基因型;将D基因型进一步划分为lineage 1和lineage 2,不同分支之间的进化距离为0.06,lineage 1由9省/市的2008～2012年和小部分2013年的序列组成;lineage 2由15省/市的2013年大部分和2014～2015年序列组成。结论:1.2013～2015年中国大陆地区重症HFMD病例仍主要集中在3岁及以下的儿童,男性儿童高发,散居儿童为主。EV-A71仍是引起我国大陆地区重症HFMD病例的优势病原体,但EV-A71感染所占比例下降,其他EV感染比例升高。2.通过将中国大陆划分为7个地区来分析不同区域内发病强度和时间,提示我国华中、华东、西南、华南4个地区在2013～2015年流行强度大,发病高峰开始早,东北地区流行强度最小,发病高峰开始晚。3.7大区检出病原以EV-A71为主,但在东北、华南、华北、西北4个地区中,其他EV在2013或2015年或同在2年里检出率最高,提示4区域应重点关注其他EV引起的重症HFMD。4.通过对我国大陆地区CV-A2 VP1编码区全长基因进行基因同源性和进化分析,发现2008～2015年中国大陆地区HFMD病例分离到的CV-A2毒株属于B和D基因型,其中以D基因型为优势基因型,在2008～2009年同时有B基因型共循环,CV-A2在这8年的传播循环的过程中,病毒存在一定程度的进化,有多个传播链共循环,应关注其引起相关疾病的流行。