小麂(Muntiacusreevesi)是广泛分布于我国南部地区的食草动物。该物种的分布特点及生态学特性使之成为对我国东南部地区系统地理学研究中优良的模式物种。研究通过对来自安徽大别山区、皖南山区、江西九岭山区、武夷山-浙闽丘陵区、湖北大巴山区以及湘西武陵山区的273个小麂线粒体控制区序列770bp的分析，探讨了更新世冰期循环与长江的地理隔绝对长江中下游六个小麂种群遗传多样性、遗传谱系分化、遗传格局和历史种群动态的影响。　　 在273个控制区序列中共发现108个单倍型，小麂种群整体线粒体遗传多样性(h=0.981，π=0.0198)与其它鹿类动物相比表现出单倍型多样性较高而核苷酸多样性较低。大别山种群的遗传多样(h=0.743，π=0.0084)性远低于整体水平，雌性有效种群（N=30，400）亦远小于其它小麂种群。　　 通过构建NJ系统树和单倍型Network图，发现小麂种群的遗传谱系分化发生在东、西部种群之间。种群间遗传差异两两比较结果显示大别山种群与其它种群遗传差异最大(F-ST.0.14168-0.19161);长江下游南部三种群间遗传差异最小（F-ST,0.00148-0.02125）。对遗传结构的AMOVA分析表明当将六个小麂种群划分为四个地理单元，即[DB]；[WN，JLS，WYS];[BAS];WLS]时，F-CT值最大，为0.08714。这结果提示种群间东西地理距离隔离与长江水系隔离是在小麂种群形成当前遗传格局的两个主要因素。　　 FusFs中性检验和歧点分布分析结果都支持小麂长江下游南岸三种群经历过一次大规模的种群扩张事件，通过迸一步计算得出这三个种群的扩张在我国古气候更新世第四间冰期期间（WN、JLS、WYS三种群的扩张分别发生在大约16.24、14.95和12.21万年左右）。BSP法分析的结果显示六个小麂种群在近2万年（末次盛冰期期间）左右都出现了显著种群数量下降。