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目的最新研究表明,长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)作为竞争内源性RNA(competing endogenous RNA,ce RNA)在肿瘤形成过程中扮演重要角色。癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库包含成千上万组RNA测序数据和相关的临床信息。而癌症相关的lnc RNA在甲状腺乳头状癌(Papillary Thyroid Cancer,PTC)中的作用至今尚不明确。本研究旨在TCGA数据库中鉴定PTC相关的特异性lnc RNA,探讨PTC的发病机制并在临床样本中进行验证分析其临床意义。方法我们收集TCGA数据库中的461例PTC病例,根据病理分期以及淋巴结转移的情况将所有样本分为四组:Ⅰ-Ⅱ期淋巴结阳性、Ⅰ-Ⅱ期淋巴结阴性、Ⅲ-Ⅳ期淋巴结阳性以及Ⅲ-Ⅳ期淋巴结阴性,将这些样本分别与正常甲状腺组织比较,得到交集中共同差异性表达的lnc RNA,mi RNA和m RNA,利用京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和基因本体论(Gene Ontology,GO)数据库预测所筛选基因的生物学功能和所参与的信号通道。根据ce RNA理论,构建PTC发生发展相关的基因调控网络。最后,我们随机挑选出8例特异性lnc RNA在28对临床标本上进行实时定量聚合酶链式反应(quantificational Real-Time Polymerase Chain Reaction,q RT-PCR)验证,证实生物信息学分析的可靠性以及特异性lnc RNA的临床相关性。结果我们筛选出45例lnc RNA,21例mi RNA和78例m RNA构建ce RNA调控网络。随后,根据TCGA中的临床信息,我们对45例特异性lnc RNA进行了临床相关性的分析。我们发现有37例特异性lnc RNA与病人年龄、种族、性别、淋巴结情况、TNM分期以及病人预后密切相关。需要特别指出的是,有3例lnc RNA与病人的总生存期(Overall Survival,OS)相关。其中HAND2-AS1与肿瘤大小负相关(p<0.05),临床验证结果与生物信息分析的结果一致。结论本研究鉴定出PTC特异性的lnc RNA,为我们对lnc RNA在PTC发生发展中作用的理解提供了新的视角。同时,研究也揭示了PTC潜在的诊断和预后的lnc RNA标志物。