川芎为常用中药材,有悠久的栽培和使用历史,国内外需求量大。因长期营养繁殖,未见花果,至今未发现野生种,其分类位置尚难确定,据考证,中药藁本原植物自古就有争议,藁本属中部分属下的种间亲缘关系、种级界限、进化关系等方面界定还不完善,导致川芎与藁本之间的亲缘关系存在争议。前期研究发现,云南,甘肃产川芎在植物形态、药材性状上与藁本相似,其粉末特征、化学成分却与四川产川芎基本一致。有学者将川芎隶属于藁本之下,作为藁本的栽培种,为了全面评价川芎种质资源,有必要将之与藁本进行更系统的对比研究,为弄清川芎与藁本的近缘关系提供参考依据。研究结果如下：首次对川芎、云南川芎、甘肃川芎及藁本的形态组织学进行了较为详尽的对比研究,主要从原植物形态、根茎形状、叶片性状、药材性状、显微特征等方面找出了它们的异同点。对三个不同产地川芎及藁本进行了薄层对比鉴别研究,采用《中国药典》2005年版一部藁本项下薄层鉴别方法制备供试品溶液,以石油醚-丙酮-甲酸(90：60：1)为展开系统,所得薄层色谱图显示,四川、甘肃、云南产川芎在成分组分上基本一致,只是量上有差异,而藁本在成分的组分及量上与之均有差异。在川芎种质资源研究课题组前期研究的基础上,对三个不同产地川芎及藁本进行了HPLC图谱对比分析,结果表明,甘肃、云南产川芎的峰形与四川产川芎趋于一致,而藁本的峰形与之有较大差异。三个不同产地的川芎药材相似度较高,而藁本的区别明显。对三个不同产地的川芎及藁本的挥发油成分进行了GC-MS分析,结果表明,四者的挥发油的主要成分是苯酞类化合物,约占整个挥发油的31.53%～74.47%,四者在挥发油的成分组成及含量上均存在不同程度的差别。甘肃、云南产川芎的挥发油成分与四川产川芎相似,从挥发油成分分析来看,云南、甘肃产川芎更接近于川芎,而与藁本的差异较大。对三个不同产地的川芎及藁本的主成分进行了含量测定。结果表明,挥发油、总阿魏酸含量藁本的较高,其余依次为甘肃川芎>云南川芎>川芎。藁本总生物碱含量远远低于三个不同产地的川芎,甘肃川芎的总生物碱含量较高。首次对三个不同产地的川芎及藁本进行了染色体核型研究,结果表明,四川、云南、甘肃产川芎与藁本的体细胞染色体数目相同,均为2n=22,核型均为2A型,但从核型公式来看,存在差异：各产地川芎的为16m+4sm+2st(sat)；而藁本的为12m+6sm+2sm(sat)+2st(sat)。