随着人地矛盾日益突出，针对土地资源经济供给的稀缺性以及土地利用过程中的不合理性，土地资源优化配置的研究成为土地科学领域前沿的重要问题。土地资源配置包括部门间数量分配和空间布局，其中部门间的配置从宏观上看就是农地非农化问题，空间布局实质上就是土地资源的区域配置问题。我国正处于快速工业化、城市化阶段，在这个阶段，大量土地非农化将会是一个客观存在的事实，如何在经济高速发展过程中实现土地资源的可持续利用成为了迫切需要研究的重要课题。在合理的土地非农化是经济发展代价性损失的背景下，提高土地资源的空间配置效率将是协调经济发展与土地资源保护矛盾的有效途径。经济学是研究稀缺资源优化配置的科学，不同的经济学理论对于资源配置具有不同的观点。论文回顾了发展经济学关于区域经济增长的平衡和非平衡理论，评价了它们对于资源配置的观点，指出传统的区域经济发展理论没有充分考虑经济与资源、环境、社会的协调问题，在这种理论指导下的资源配置是低效率的。本文提出了空间均衡发展的理念，空间均衡强调区域生态与经济比较优势的发挥，论文从理论上证明了基于比较优势的土地利用区域分工将会导致区域土地利用福利水平的最大化。实现土地资源空间均衡配置的技术基础是土地利用适宜性分区。论文分析了传统土地适宜性评价的方法，认为传统单一土地利用类型评价不能为土地资源的空间配置提供有效的科学支撑。提出了基于比较优势的土地利用适宜性分区的理念和方法，分别评价土地的农业适宜性和建设适宜性，运用分类矩阵综合评定各个区域最有比较优势的土地利用方式，形成土地利用适宜性分区。在理论研究的基础上，论文以南京市为例，综合经济学、生态学和地理学的理论和方法，以南京市的乡镇、街道为评价单元，分别评价了耕地、建设用地的适宜性，并利用最终分类矩阵，进行各个评价单元耕地保护和建设用地开发的比较优势甄别，从而将各个评价单元分为优先开发区、适度开发区、控制开发区、适度保护区、优先保护区。在分区的基础上，文章提出了土地利用宏观管理控制指标区域配置的引导方向，形成了南京市区域土地资源空间优化配置方案。为保障方案的可操作性，文章提出了财政转移、分类指导的考核体系等政策建议。