不同产蛋水平大骨鸡的粪便微生物群落特征及优势菌分离鉴定

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目的为探讨不同产蛋水平的大骨鸡肠道微生物菌群差异,试验对高、中和低产蛋水平母鸡粪便微生物进行16S r DNA基因V3~V4区高通量测序和分析;根据分析结果筛选分离获得高产大骨鸡粪便特异微生物菌种。方法1、选取锦州医科大学科研试验场F5代同一家系但不同产蛋水平的大骨鸡母鸡,产蛋高水平组、中水平组和低水平组各3只。采集新鲜粪便进行微生物16S r DNA的V3~V4区高通量测序和测序数据质量检测;采用QIIME2、PICRUSt2、SPSS等软件及R语言进行大骨鸡不同产蛋水平粪便微生物分类学组成、多样性、物种分类学注释、物种差异与标志物种、代谢通路,以及产蛋量与粪便微生物菌群间相关分析等。2、根据测序和分析结果,采用兼性筛选培养基从产蛋高水平种母鸡粪便中进行分离培养;然后利用革兰氏染色、3%过氧化氢酶、明胶生化和溴甲酚绿指示剂培养基等筛选方法进行初步鉴定;将符合条件的菌株送至生物公司进行菌种测序后进行NCBI Blast同源性比对。结果1、所有大骨鸡粪便样品微生物组成具有相似性,相对丰度最高的是厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),占群落93.1%以上;beta多样性PCo A分析显示不同产蛋水平组间微生物群落明显不同,乳酸杆菌属(Lactobacillus)为高产水平大骨鸡粪便微生物特征。大骨鸡粪便微生物群落功能涉及7个第一层次代谢通路,其中15个代谢通路在高产蛋水平组与中、低组间存在显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)差异,高产蛋水平组菌群功能主要是生物合成和糖酵解。2、所有大骨鸡样品的5个月累计产蛋量分别与粪便微生物的厚壁菌门(Firmicutes)丰度呈显著正相关(P<0.05),与芽孢杆菌纲(Bacilli)、乳杆菌目(Lactobacillales)、乳酸细菌科(Lactobacillaceae)、乳杆菌属(Lactobacillus)丰度呈极显著正相关(P<0.01)。3、在大骨鸡高产蛋水平组粪便中分离获得117株菌株;55株符合乳杆菌属鉴定要求;经测序和比对后,获得与罗伊氏乳杆菌菌株08-3C01(Lactobacillus reuteri)同源性为99.85%的菌株1株,将其命名Lactobacillus reuteri SYH001。结论1、大骨鸡母鸡产蛋水平差异与粪便微生物组成有关。高产蛋性能大骨鸡粪便微生物特征是高丰度乳酸杆菌属,低产蛋性能大骨鸡微生物组成复杂。产蛋性能高的大骨鸡消化道微生物菌群功能主要是生物合成和糖酵解。2、获得1株与罗伊氏乳杆菌菌株08-3C01(Lactobacillus reuteri)同源性为99.85%的高产大骨鸡粪便特异菌株。
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