医疗卫生事业是关系到国计民生的大事。公立医院是提供医疗卫生服务的主体，因此，对其进行改革也就成了医疗卫生体制改革的重点。随着医疗卫生体制改革和财政管理体制改革的日益深化，医疗机构的运营环境发生了很大变化，经济活动也更加复杂。迫切需要进一步健全医院和基层医疗卫生机构的财务、会计和审计监督制度，完善财务会计管理机制，强化内部控制和外部监督，准确核算反映财务信息，满足各方面管理和监督的需要。为满足这一需求，研究切实可行的公立医院审计程序，具有重大的理论和实践意义。正是基于以上考虑，文章创新性的针对公立医院提出了职能导向型审计模式，该模式亦可适用于其它类似的承担较多社会职能的非营利组织。所谓职能导向型审计，是指注册会计师在对公立医院进行等承担较多社会职能的非营利组织进行审计时，对其社会职能的实现情况予以特别关注的审计。在这种审计模式下，注册会计师的责任将不再仅仅是对财务报表发表审计意见，并对财务报表是否不存在重大错报获取合理保证，同时还要对被审计单位社会职能的实现情况进行评价，在传统的财务报表审计中融入绩效审计。文章中的职能导向有两方面的含义，第一是注册会计师通过评价被审计单位社会职能的实现情况，找出审计的重点，指导审计计划的制定和审计程序的实施；第二是对被审计单位的社会职能实现情况进行评价并发表审计意见。文本首先结合当前非营利组织财务丑闻、医疗卫生事业改革、关于医院的五项制度的实施等社会热点，指出公立医院审计的背景和重要性。然后通过文献综述，对公立医院审计的目标和程序进行了回顾，并对文献进行了评价。由于研究该领域的文章较少，本文较多的引述了审计准则和审计法等内容。其次，文章阐述了职能导向型公立医院综合审计程序的基本思路，包括职能导向型审计的定义、理论基础、基本思路以及职能导向型与风险导向型审计的区别与联系。再次，文章将职能导向型审计应用于公立医院综合审计程序，对具体审计程序按照接受委托阶段、计划阶段、执行阶段和完成审计工作阶段四个阶段进行了设计。最后通过访谈的形式，对职能导向型公立医院综合审计程序的可行性、优缺点等进行调研。在总结调研结果的基础上，对职能导向型公立医院综合审计程序进行改进和完善。文章的结尾指出了文章的创新所在，同时也指出了本文研究的不足，并对未来研究的主要方向做了展望。