目的：国家新医改要求改革医保支付方式，健全全民医保体系新疆生产建设兵团某地区2013年1月1日正式实施医保总额预付支付方式临床科室是贯彻实施医院运营管理政策的主要机构本研究旨在调查和分析总额预付下的复合支付制度实施前后某一内科和某一外科医疗质量医疗费用经济运营病人来源和医务人员总额预付认知及医疗行为等变化情况，探讨总额预付下的复合支付制度对三级医院临床科室运营的影响，为总额预付下的复合支付制度中三级医院科室运营提供参考和借鉴，为总额预付下的复合支付制度的研究和实施提供可行性的建议方法：本研究首先运用文献研究法和专家访谈法拟定科主任访谈提纲，确立总额预付制度认知及医疗行为调查问卷，对比2013年某三级医院内分泌代谢科和泌尿外科与其前三年其医疗质量医疗费用经济运营和病人来源等方面的变化，运用灰色关联分析方法对内分泌代谢科2010-2013年糖尿病住院费用进行综合评价，根据数据的变化和各方面的政策探讨总额预付对科室运营模式的影响结果：内分泌代谢科和泌尿外科住院人数平均住院日和病床使用率都有所下降，门诊人数有所上升内分泌代谢科总住院费用平均住院费用和药占比下降，泌尿外科总住院费用和药占比下降，平均住院费用上升两个科室总收入增长率医疗收入增长率药品增长率和总支出增长率下降内分泌代谢科病人来源变化较少，泌尿外科外阜病人来源增多以内分泌代谢科糖尿病为例分析总额预付控费效果，2013年低于2011年和2012年费用水平，高于2010年水平两科室医务人员对医保总额预付认知不够，近半数医务人员持否定态度结论：根据对总额预付实施后内分泌代谢科和泌尿外科医疗质量医疗费用经济运营和病人来源等方面的研究和分析，我们提出以下建议：第一，合理测算科室指标，构建科学的医保总额分配模型；第二，加强信息化建设，实时监测医保数据；第三，完善绩效考核制度，建立激励约束机制；第四，深入理解医保政策，统一认识；第五，对于边疆地区,实施医保总额预付下的复合支付方式同样是是实现医院及临床科室社会效益及经济效益双赢的一条切实可行的道路