在经合组织国家（OECD）中,鼓励市场R&D活动的财政补贴和税收优惠是普遍存在的。创新创业作为实现中国经济提质增效升级“双引擎”,已经成为国家战略。为提升本国高新技术产业的技术创新能力,增加产品的附加值,我国政府不断完善优化各类鼓励科技创新的扶持政策,尤其是针对高新技术产业的税收激励政策。在国内外文献基础上,梳理所得税税收政策内容、实施现状并阐明影响机理。以此为基础采用J区高新技术企业和申报但未获得优惠的非高新技术企业作为样本,用价格弹性分析和倾向得分匹配的实证方法分别分析所得税税收优惠政策及其他影响因素对创新绩效的平均效果,绩效指标具体包括:企业内部R&D经费支出、高新技术产品销售收入和下一期发明专利申请量,并比较了两类所得税税收优惠对高新技术企业创新投入的影响。主要结论有如下:本文研究发现,对于高新技术企业和申报未获得优惠的企业,所得税技术创新的税收优惠政策与企业研发投入有正向激励作用,两种方法的实证结论显示激励效应不显著。采用价格弹性方法分析还发现中小企业创新能力能在一定程度上激励企业研发投入,起到了促进科技创新的作用,结论得出科技活动总人数、企业发明专利拥有量与企业内部科技活动经费支出系数分别显著正相关,企业研发能力很可能是企业进行R&D投入决策中被考虑的重要因素。在企业创新产出方面,税率式所得税优惠与高新技术产品销售收入显著正相关,与发明专利申请量不显著相关,税收优惠没有显示出对企业发明专利产出的激励作用。而科技活动总人数和企业发明专利拥有量仍与下一期发明专利申请量显著正相关。所得税税收减免额的增加能够带动高新技术产品销售收入增加,但是并不能保证企业获得实质性创新成果,而代表企业实质性创新成果的发明专利申请量更依赖于企业研发支出、企业发明专利拥有量。以高新技术企业为样本,分析加计扣除（税基式）优惠政策与高新技术企业所得税（税率式）优惠政策的效应。两类税收优惠工具为企业提供的激励效应不同。研究发现相比于加计扣除所得税优惠,高新技术企业所得税税收优惠对增加创新投入激励作用显著。本文进一步提出了完善科技税收优惠政策的实施建议。在政策制定方面,针对税率式所得税优惠政策,应在评审环节中注重研发成果质量和效益;强化以市场主导的人才评价机制和企业主导的人才激励机制;针对税基式所得税优惠政策,减小或取消的研发领域限制,使政策更具普惠性;税基式所得税优惠政策应对中小企业给予政策倾斜。在政策实施方面,应逐步统一各科技项目研发费用等归集口径;应继续细化税基式所得税政策实施中操作流程、出台统一鉴定管理办法。