胆囊癌是一种较为罕见的侵袭性胆道恶性肿瘤。胆囊癌的存活率低,预后差,已严重威胁人类的健康。目前仍缺乏有效的生物标志物和治疗靶标。我们分析了胆囊癌的基因表达数据来定义差异表达的基因(DEG)。然后,通过蛋白质功能相互作用(FI)网络分析寻找具有潜在生物学功能的模块标志物。最后,我们在80例胆囊癌组织中进行免疫组织化学染色(IHC)来评估这些功能模块基因的蛋白表达水平及其临床预后意义。生物网络分析确定了五个功能模块:模块0包含了经典的癌症信号传导途径,例如Ras和PI3K-Akt信号通路;模块1-4分别涉及肌细胞,纤维蛋白原,细胞外基质和整联蛋白相关的基因。我们验证了在网络中心或模块关键功能节点的三个基因,分别是LIFR、PIK3R1和MMP12。通过免疫组化实验,我们发现它们在癌组织中的蛋白表达与配对的癌旁组织相比,LIFR(P=0.002)和PIK3R1(P=0.046)显著下调,而MMP12(P=0.006)显著上调。生存预后统计分析显示LIFR低表达的患者比高表达的患者的总生存时间更短(log-rank 检验,P=0.028),而 PIK3R1(P=0.053)和 MMP12(P=0.006)也是相同的趋势。进一步的多因素生存分析表明MMP12的蛋白表达(风险比率[HR]=0.429;95%%置信区间[CI]=0.198-0.930;P=0.032)是一个独立的预后因子。我们建立了一种基于高可信的疾病功能网络来挖掘生物标志物的方法,它揭示了 LIFR、PIK3R1和MMP12可以作为胆囊癌潜在的新型预后标志物。这些发现可以加速这种癌症的生物标志物发现和治疗进展。