我国农村长期采用“乡政村治”的治理模式，而这种模式实质上是一种以政府为中心的“单中心治理”模式。政府作为乡村治理的单一主体，产生了一系列的问题，造成当前乡村治理状况不佳的局面。而作为社会组织一部分的农民专业合作社，是由农民自发组织起来为获取良好服务实行民主管理的农村生产性非营利性互助组织。它由农民组成，与农民联系密切，在农村有难以割舍的“地缘、情缘、血缘”。另外，近几年国家多次在一号文件强调并鼓励发展农民专业合作社，合作社的力量不断壮大。农民专业合作社的性质及实力决定它可以作为主体之一参与乡村治理。由于当前乡村治理存在问题，而农民专业合作社有能力作为一大主体参与乡村治理，因而把农民专业合作社与乡村治理联系起来，分别从理论上和实际上进行研究，为合作社更好的在乡村治理中发挥作用提供对策参考。　　本文在研究的过程中，主要运用了文献分析法、理论分析与案例分析相结合以及对比分析的方法。具体来讲，首先界定了农民专业合作社和乡村治理的概念，论述了合作社参与乡村治理的理论基础。在此基础上运用理论解释了乡村治理困境产生的原因和合作社参与乡村治理的原因，并对合作社参与乡村治理的方式和在乡村治理中发挥的作用进行分析。然后介绍了安徽省合作社的发展现状，以安徽省三种不同类型的合作社分别是农村经济能人带头建立型、村组织发动建立型和龙头企业带动型为例，对比分析了三种类型合作社参与乡村治理的做法及对治理结构的影响。基于安徽省合作社参与乡村治理的现状，笔者提出了当前合作社参与乡村治理存在的困境。最后，在借鉴国外合作社参与乡村治理经验下，提出完善合作社参与乡村治理的举措，分别从合作社内部原因和外部两个方面来解决。　　农村专业合作社在乡村治理中起着非常重要的作用，是基层党组织和基层政府力量的有效补充。为使合作社更加有效的参与乡村治理，合作社需要加强自身的建设和发展，包括内部规章制度和组织结构，合作社之间相互联合，创办联社，提高市场竞争力。另外，政府也要科学处理与合作社的关系，做到管理支持与适当“放任”并重。