【摘 要】
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目的:通过比较鼻咽癌组织和正常鼻咽上皮组织之间mi RNA和m RNA的不同表达来寻找鼻咽癌潜在分子标志物;研究mi R-29c-3p是否可调控鼻咽癌的发生发展及其可能的调控机制。方法:一、鼻咽癌mi RNA-m RNA调控网络构建1、从GEO数据库中下载GSE118721数据集（其中包括4个正常鼻咽上皮标本及7个NPC标本的mi RNA和m RNA表达谱数据）并应用“limma”R软件包处理原始
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目的:通过比较鼻咽癌组织和正常鼻咽上皮组织之间mi RNA和m RNA的不同表达来寻找鼻咽癌潜在分子标志物;研究mi R-29c-3p是否可调控鼻咽癌的发生发展及其可能的调控机制。方法:一、鼻咽癌mi RNA-m RNA调控网络构建1、从GEO数据库中下载GSE118721数据集（其中包括4个正常鼻咽上皮标本及7个NPC标本的mi RNA和m RNA表达谱数据）并应用“limma”R软件包处理原始数据及筛选NPC和正常鼻咽上皮组织中差异表达的mi RNA和m RNA。2、通过Fun Rich软件对差异mi RNA进行转录因子富集分析。3、使用Fun Rich软件预测差异mi RNA调控的下游靶基因,通过“Venny”R软件包找出靶基因与差异表达基因的交集基因,并通过在线网站DAVID及R软件对交集基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书通路（KEGG）富集分析。4、使用STRING数据库构建交集基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）,并使用Cytoscape软件将PPI网络可视化。5、通过在线网站Kaplan-Meier Plotter对mi RNA-m RNA调控网络中的mi RNA及m RNA进行生存分析,构建关键mi RNA-m RNA调控网络。二、mi R-29c-3p对鼻咽癌细胞调控作用1、分别检测mi R-29c-3p、COL11A1在各常见鼻咽癌细胞系及正常鼻黏膜上皮细胞系中的表达情况。2、转染mi R-29c-3p mimic、inhibitor及其对应的阴性对照,对鼻咽癌细胞系中mi R-29c-3p的表达进行干预。3、分别通过Ed U、Transwell及细胞划痕实验检测mi R-29c-3p对鼻咽癌细胞增殖、迁移的影响。4、通过q RT-PCR及Western Blot检测mi R-29c-3p表达干预鼻咽癌细胞中COL11A1的表达情况,双荧光素酶实验验证mi R-29c-3p靶向COL11A13’UTR。结果:一、鼻咽癌mi RNA-m RNA调控网络构建1、对GSE118721数据集进行原始数据处理及差异分析后,筛选出差异表达显著（|log FC|＞2且adj.P.val＜0.05）的mi RNA共93个,m RNA共705个。2、转录因子富集分析显示,EGR1、SP1及SP4等转录因子在差异表达的mi RNA上显著富集。3、预测出差异表达mi RNA的靶基因233029个,得到靶基因与差异表达基因的交集基因106个。GO分析和KEGG分析显示,交集基因主要与细胞外基质的构成及蛋白质消化与吸收相关通路有关。4、通过Cytoscape软件将PPI网络可视化后筛选出核心基因COL11A1、COL1A1等。5、生存分析显示,mi R-29b、mi R-29c等mi RNA的高表达及COL11A1、STC2等基因的低表达与患者的总生存率下降相关。构建了鼻咽癌关键mi RNAm RNA调控网络。二、mi R-29c-3p对鼻咽癌细胞调控作用1、对比于正常鼻黏膜上皮细胞系,mi R-29c-3p在各常见鼻咽癌细胞系中表达降低,而COL11A1表达增高。2、对比于阴性对照,转染mi R-29c-3p mimic后鼻咽癌细胞系中mi R-29c-3p表达增高,而转染mi R-29c-3p inhibitor后表达降低。3、转染mi R-29c-3p mimic后鼻咽癌细胞的增殖、迁移能力下降,而转染mi R-29c-3p inhibitor后细胞增殖、迁移能力上升。4、q RT-PCR及Western Blot提示mi R-29c-3p表达干预鼻咽癌细胞中mimic组COL11A1表达下降而inhibitor组反之,双荧光素酶实验证实mi R-29c-3p靶向COL11A1 3’UTR。结论:1、通过生物信息学,我们构建了包括mi R-29b、mi R-29c、COL11A1等在内的mi RNA-m RNA调控网络,为鼻咽癌的发生发展提供潜在生物标志物。2、mi R-29c-3p在鼻咽癌中低表达,过表达mi R-29c-3p可抑制鼻咽癌细胞的增殖、迁移能力,并且可能通过靶向COL11A1发挥作用。
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