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以644只南非肉用美利奴(♂)×甘肃高山细毛羊(♀)(南甘)及南非肉用美利奴(♂)×南甘(♀)(南南甘)杂种羊为研究对象,测定产毛和生长性能;采用DNA池测序和SNPscan等方法对KIF16B、KRTCAP3、FGF5、GPRC5A和PTPN3进行SNPs扫描,将SNPs与选育群的产毛和生长性状进行关联分析,构建相关显著SNP单倍型,进行强连锁位点合并基因型与产毛及生长性状的关联性分析,筛选相应的分子标记。主要结果如下:1.南甘成年母羊、南甘周岁公羊和南南甘周岁公羊肩部毛长分别为6.17±0.87、8.37±1.40和7.62±1.37 cm,体侧毛长分别为6.56±1.15、8.11±1.95和7.86±1.56 cm,股部毛长分别为6.27±0.88、8.17±1.42和7.50±1.14 cm,背部毛长分别为6.37±0.94、8.67±1.58和7.86±1.45 cm,腹部毛长分别为4.53±1.08、5.31±1.32和5.33±1.17 cm;南甘成年母羊、南南甘成年母羊和南南甘周岁公羊羊毛直径分别为22.06±2.18、21.30±2.16和21.00±2.32μm,其标准偏差分别为4.55±0.71、4.88±0.76和4.05±0.76μm,变异系数分别为20.63±2.74%、22.99±3.20%和19.32±3.00%;南南甘周岁公羊卷曲度、卷曲回复率和卷曲弹性率分别为12.45±3.3%、11.82±3.36%和92.59±2.85%;南南甘周岁公羊单纤维强度指标断裂强力、断裂伸长、断裂强度、伸长率和断裂功分别为7.4±2.36 cN、3.63±0.44 mm、1.48±0.48 cN/dex、31.92±4.37%和94.15±41.6μJ;南甘成年母羊、南甘周岁公羊和南南甘周岁公羊体重分别为38.54±5.09 kg、41.31±8.69 kg和47.54±7.58 kg,胸围分别为81.16±5.22、87.83±6.83和92.78±7.24 cm,体高分别为64.56±3.63、73.20±3.47和71.71±3.78 cm,体斜长分别为68.14±5.27、75.58±4.15和74.19±4.49 cm,管围分别为7.39±0.72、10.40±0.71和10.01±0.97cm;南甘和南南甘成年母羊平均污毛量分别为3.36±0.72和3.86±0.70 kg。羊毛与生长性状的相关性分析表明:肩部、体侧、股部、背部、腹部五个部位毛长与污毛量呈显著相关(P<0.05);南南甘周岁公羊羊毛纤维直径、卷曲弹性和单纤维强度指标显著相关(P<0.05)。2.用DNA混池测序法检测到KIF16B有45个SNPs,其中7个错义突变,1个同义突变,1个启动子区突变,其它为内含子突变;KRTCAP3有1个SNPs,位于内含子2;FGF5有10个SNPs,其中5个突变位点位于启动子区,5个突变位点位于内含子1;GPRC5A有7个SNPs,均位于内含子3;PTPN3有6个SNPs,其中2个错义突变,1个同义突变,其它为内含子突变。3.所检测到的SNPs有53个SNPs可利用SNPscan分型法进行基因分型,共有48个SNPs与选育群的生长和产毛性状显著相关,其中KIF16B有6个位点(SNP21、SNP22、SNP23、SNP32、SNP42和SNP49)与五个部位毛长、5个位点(SNP29、SNP30、SNP31、SNP35和SNP36)与毛品质的多个指标显著相关(P<0.05),4个位点(SNP4、SNP8、SNP9和SNP21)与体重、体尺等生长性状显著相关(P<0.05);FGF5的SNP49位点与五个部位毛长显著相关(P<0.05);KRTCAP3的SNP46与毛长及羊毛品质显著相关(P<0.05);GPRC5A有4个与羊毛及生长性状显著相关的SNPs(P<0.05)(SNP57、SNP61、SNP62和SNP63);PTPN3有4个位点(SNP65、SNP66、SNP67和SNP68)与生长性状均显著相关(P<0.05)。4.KIF16B、FGF5、GPRC5A、PTPN3四个基因分别构建了18、3、1、1个“单倍型块”,并在KIF16B、FGF5、GPRC5A和PTPN3分别构建了62、10、2和2种单倍型,其中KIF16B与腹毛长显著相关的位点(SNP10、SNP12、SNP16和SNP20)组成的单倍型TATG频率最高,为优势单倍型。KIF16B SNP4、SNP8、SNP9位点组合基因型与污毛量、毛长、生长性状均显著相关(P<0.05),SNP29、SNP30、SNP35和SNP36位点多个合并基因型与毛品质多个指标均显著相关(P<0.05)。综上所述,南非肉用美利奴羊与甘肃高山细毛羊进行杂交,杂种二代与杂种一代相比,羊毛显著变细,体重和胸围显著增大;KIF16B、KRTCAP3、FGF5、GPRC5A和PTPN3可以作为候选基因进行研究。