随着医疗科技的发展，越来越多的临床需求在实际医疗过程中产生，为满足各种需求，不少综合性大学将医工交叉作为一项重要的跨学科研究手段，在医学学科与理工文管等学科间开展了大量的理论合作和实践应用。然而，实施医工交叉过程中也出现了一些共性问题和困难，对于这些问题和困难的来源，人们还没有较为明确的解答。为了了解问题的根源和提出相对应的解决办法，本文工作的重点是进行一项面向综合性大学科研管理部门和学科合作者的基于网络科学的医工交叉分析与系统设计的研究。在研究中首先将网络科学作为分析医工交叉的技术手段（采用网络科学方式研究医工交叉目前仍较为少见），将经典的小世界性效应、无标度模型、高聚类现象等概念应用到医学学科与理工文管等学科交叉与合作情况的研究上，从网络的视角去发现和挖掘医工交叉模式中的各种科研合作网络的组成结构、整体属性、个性特征、运行方式等，使现实的医工交叉合作关系及其实质得到了网络科学的对应结果。其次，以计算机方式开展系统设计的方法来加强对医工交叉模式的运行管理，通过完成数据、模型、统计、计算、分析、评估、实验等内容，对现有的医工交叉模式做了全面分析、判断并提出了改进建议，使医工交叉模式变得更加完善和更具可操作性，也是对网络科学作为主要分析方法的验证和应用。本文做了六方面工作：1、采集处理各种医工交叉的数据，形成了规范统一的分析数据和运行文件；2、将数据和文件用于构建医工交叉合作模型并遵循网络科学原则完成建模；3、将各类医工交叉合作模型按不同的概念和网络属性进行数值统计和运算；4、将数值运算取得的结果对应各自的网络属性做了科学的比较和分析说明；5、将各类网络属性分析结果做了综合科学评估，根据评估提出了改进建议；6、通过系统设计，对医工交叉模式的网络科学分析方法的验证和应用。本文的创新工作：基于网络科学的医工交叉分析和系统设计帮助了解了目前的医工交叉模式运行情况和医工交叉科研合作网络所具有的网络属性，提出了科学的医工交叉模式结构，改善了医工交叉所面临的合作匹配不合理现象，这是理论分析方法与实践应用设计的结合，也是网络科学理论与计算机应用技术相互交叉的工作研究。