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为了解广西PRRSV的变异情况及分子遗传特征,从临床发病死亡猪采集组织接种Marc-145细胞分离病毒,取产生典型细胞病变(CPE)的病毒液经RT-PCR及间接荧光抗体试验(IFA)鉴定,证实分离到3个病毒株,分别命名GX1001、GX1002和GX1003株。采用RT-PCR分段扩增3个分离株的基因片段,经克隆、测序、拼接,获得3个分离株的全基因序列。结果,不包括poly (A)尾,GX1001、GX1002和GX1003株基因组全长分别为15329nt、15318nt和15320nt。同源性分析表明,3个分离株间全基因组核苷酸及其推导氨基酸序列同源性分别为99.3%～99.4%和99.5%～99.7%,与国内外美洲型参考毒株间的同源性分别为84.9%～99.5%和74.9%～99.5%,与欧洲型参考毒株间的同源性分别为61.5%～61.9%和51.0%～51.5%。序列分析表明,3个分离株的NSP2编码区均存在第481位aa和533～561位aa30个氨基酸的不连续缺失,具有PRRSV高致病性变异毒株(HP-PRRSV)的遗传特征,但在不同区域出现新的突变、缺失及插入等变异现象。遗传进化分析表明,所有美洲型毒株可以分为4个亚群,GX1001、GX1002和GX1003株均属于以高致病性JXA1株为代表的第4亚群。表明,本研究获得的PRRSV广西地方分离株GX1001、GX1002和GX1003株均属于HP-PRRSV,但其基因组在不同区域发生了新的遗传变异现象。为研究在免疫压力下HP-PRRSV田间流行毒株的遗传进化情况,2011-2012年在广西境内定点四个规模猪场(其中两个不免疫PRRSV疫苗,另外两个免疫PRRSV疫苗),每个季度采集一定数量的血清及组织病料进行PRRSV抗体及病原检测。结果,四个猪场每个季度的平均PRRSV抗体水平(S/P均值)都在阳性临界值以上,血清样品阳性率为45.7%～96.7%;通过RT-PCR及克隆技术,在四个猪场获得Nsp2基因序列91个,ORF5、ORF6、ORF7基因序列各98个。分析显示,所得到的基因序列都属于美洲型毒株,Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因序列间核苷酸及其推导氨基酸序列的同源性分别是90.1%～100%和91.6%～100%、83.3%～100%和81.1%～100%、96.6%～100%和96.0%～100%、86.0%～100%和87.9%～100%。4个猪场中的PRRSV流行毒株,其Nsp2、ORF5、 ORF6、ORF7基因的平均进化速率分别为4.30×10-4、4.09×10-5、2.65×10-6、4.89×10-6substitutions/site/day,表明在4个基因中,Nsp2基因最容易发生变异,其次是ORF5基因,然后是ORF7基因,而ORF6基因最稳定。非免疫猪场Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因的平均进化速率为4.18×10-4、3.98×10-5、2.59×10-6和4.84×10-6substitutions/site/day,免疫猪场Nsp2. ORF5、ORF6、ORF7基因的平均进化速率为4.42×10-4、4.20×10-5、2.71×10-6和4.93×10-6substitutions/site/day,表明与非免疫猪场中的PRRSV流行毒株相比,免疫猪场中PRRSV流行毒株的Nsp2、ORF5、ORF6、ORF7基因的进化速率要快。本研究分析了HP-PRRSV田间流行毒株在免疫压力下的遗传进化情况,为掌握广西HP-PRRSV的分子流行病学规律、为该病的综合防控提供了基础数据及理论依据。