三七是我国宝贵的中药材,具有舒筋活血、去肿驱痛的功能;性喜阴,为五加科、人参属植物,且生长环境特殊。三七种植年限较长,长期生长在免耕、荫庇、温暖潮湿的环境下导致根腐病害严重,而农药的大量使用又加剧了土壤中的微生态失衡。本文采用高通量MiSeq测序,结合纯培养技术,分析施药后组间和组内的放线菌群落与多样性差异,探讨农药对三七种植土壤放线菌的影响;从纯培养的放线菌中筛选对三七病原真菌具有拮抗作用的活性菌株,进一步丰富放线菌资源库。MiSeq测序检测到的放线菌,除未确定的分类单元外,其余分属于13个目,25个科,34个属。免培养的结果表明,与实验初期相比,施加了甲硫·福美双、多抗霉素、代森锰锌处理组,所检测到的放线菌多样性指数(Shannon指数)均有所降低,而未施加农药的对照组多样性指数有所升高。ACE指数和Chao1指数用于评估微生物物种的丰富度,两者一致表明在农药处理组中,除代林锰锌处理组外,均低于实验初期的值。这些结果表明施用农药可以降低三七种植土壤中的放线菌多样性。同时,农药可以改变三七种植土壤中的放线菌群落组成,总体上施用农药可递增Acidothermus、Crossiella的相对丰度,使Gaiella、Streptomyces类群的相对丰度递减。代森锰锌可使Lysinimonas、Dactylosporangium类群数量增加,甲硫·福美双能降低Mycobacterium类群的数量。农药施用后,各样品预测到的COG功能基因类型基本相似,但其相对丰度有差异。农药处理后,单个COG功能基因(COG1309、COG1595、COG1846等)丰度均比对照组高。对于不同类别的COG功能基因(C、E、G、I、K、M、P、R、S、T)来说,除甲硫·福美双处理组外,与对照组相比,多抗霉素和代森锰锌样品的COG功能丰度偏高,且高于对照组。纯培养结果表明,与对照组相比,农药可降低土壤放线菌的菌落数。甲硫·福美双和代森锰锌处理的土壤中,可培养放线菌的数量先减少再增加。而多抗霉素处理的土壤可培养放线菌刚好相反。从土壤样品中共分离到216株放线菌,以腐皮镰孢、尖镰孢、草茎点霉、黄瓜萎蔫病菌为靶标进行抗菌活性筛选,共得到27株放线菌至少对上述四种病原菌中的一种有拮抗作用,为三七根腐病的生物防治提供菌种资源。在这些放线菌菌株中,菌株YIM PH21723经过多相分类实验,初步确定为Umezawaea属中一个新种,拟命名为Umezawaea notoginseng sp.nov.。