【摘 要】
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多基因组序列比对是现代生物信息学研究领域非常重要的核心问题。为了能够比对多种近亲物种之间的多条基因组序列,我们迫切需要一种多基因组序列比对工具。当前基因组序列比
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多基因组序列比对是现代生物信息学研究领域非常重要的核心问题。为了能够比对多种近亲物种之间的多条基因组序列,我们迫切需要一种多基因组序列比对工具。当前基因组序列比对的研究主要集中于基因组双序列比对,而有效的多基因组序列比对算法只有少数几个,并且这些算法的比对效率较低。本文提出了一种有效的多基因组序列比对算法,该算法结合后缀数组及图模型,计算保守区域并使用现有序列比对工具完成多基因组序列比对。算法首先计算出序列之间的保守区域,然后基于图模型计算最大递增保守区域集,最后利用ClustalW比对方法来比对相邻保守区域之间的缝隙。在六组基因组(人类,老鼠,支原体等)DNA序列集上进行的序列比对实验表明,本文算法和MGA, EMAGEN等其他同类算法相比具有可比的精度,识别效率更高,时间开销更小,为解决多基因组序列比对问题提供了一个较好选择。
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