交通作为城市的重要基础设施，是一类典型的社会-经济-自然的复合生态系统。交通问题的生态根源包括源渠库汇上的城市结构（规划、布局）不合理、系统基本组分匹配不合理、生态流过饱和、生态流向不均，以及观念、机制、管理与技术上的生态板结与破碎等。本文基于复合生态系统理论，以北京市为主要研究案例，系统辨识了城市交通系统的结构、功能及其生态学根源，并研究了两类典型的改善城市交通系统的生态交通模式，本文的主要研究结果如下:　　(1)城市交通包括时序结构、组成结构、交通系统组分要素关系等内容。其评价指标包括交通网络、交通出行、交通行为、交通效率、交通环境，通过对北京城市生态交通评价，表现为交通网络完善程度较低、交通出行结构比例不合理、交通行为路权分配及道路资源占有率不合理、交通效率低且不断恶化、交通环境压力逐渐增大。　　(2)北京城市交通糖葫芦串能够最大实现路网速度提升程度为:早高峰平均提高1.66倍，晚高峰平均提高1.68倍，拥堵指数降到2以下，实现从中度拥堵状态改善为畅通状态，进而也提高整个城市的出行效率，缩短了出行时间，以10km为例对比小汽车与糖葫芦串模式出行费用，最低仅为小汽车出行费用的0.15倍，最高为0.19倍。该模式能够最大节能97.3％，NOx减排80.6％，大大削弱因交通污染排放引起的灰霾效应影响;社会效益包括增加运动改善身体健康状况、提高出行效率、改善交通出行质量、能够带动商业经济的发展和就业机会的增加，进而保障城市功能的正常运转。　　(3)在乘坐定制公交的乘客中，有40％之前出行方式为小汽车出行，因此，通过对比定制公交和小汽车出行，定制公交的复合生态效应包括:自然效益上的节能减排、动态道路面积占用的减少和停车位面积的节约等;经济效益上平均能够节约一定比例的出行费用，但是，相对传统普适公交，定制公交出行费用增幅较大，约有87％的乘客节约了出行时间，具有较好的时间经济成本效益;社会效应上，定制公交相对小汽车能够缓解拥堵、削减大气污染、增加道路资源利用率和社会公平性。　　(4)针对北京城市生态交通的发展，本文结合创新的交通模式与政策等适应性管理方法，提出了整体的对策和建议:创新交通模式，优化出行结构;完善路网设施，保障生态优先;体制技术协调，适应管理交通;全民参与行动，共建生态交通。