安然、世通等一系列内部控制失效案例无一不在用惨痛的经验告诫人们建立健全企业内部控制的重要性。随着《企业内部控制基本规范》和《企业内部控制配套指引》的颁布，我国内部控制在政府的主导与推动下进入了快速建设时期，相关的学术研究也取得了较为丰硕的成果。但是，目前从股权结构视角研究内部控制的文献多集中在控股股东层面。而大量学者研究发现，除了在投资者保护比较好的国家，上市公司中广泛存在着最终控制人，而最终控制人控制上市公司的方式主要有金字塔股权结构、交叉持股、双重持股等，这些复杂的股权结构使得控制权和现金流权分离，即以较小的现金投入取得较大的控制权。因此，现有文献研究控股股东对内部控制的影响忽略了上市公司股东之间存在一致行动人等因素，模糊了真实的上市公司控制权配置情况，从控股股东视角的研究无异于雾里看花、隔靴挠痒，还会影响研究结论的可靠性。故本文从最终控制人视角，深入探究了控制权与现金流权分离对内部控制有效性的影响。　　本文的主要研究内容为最终控制人控制权与现金流权分离对企业内部控制有效性的影响，并考察了机构投资者持股比例和金融市场化水平、法制环境等外部治理环境的治理作用。（1）在研究方法上，本文采用规范研究与实证研究相结合的方法，从理论与实证两个维度进行了深入的研究。在规范研究部分，本文主要运用文献综述、理论梳理、理论推理等具体方式，提出了研究假设；在实证研究部分，本文主要运用了Stata14.2统计分析工具，通过描述性统计、相关性分析和回归分析等方法对规范研究部分的研究假设进行检验，得出研究结论。（2）在理论推理及逻辑演绎上，本文从委托代理理论出发研究了最终控制人和中小股东的代理冲突。发现最终控制人的现金流权表现出激励效应，现金流权越大，最终控制人利益与中小股东利益越趋于一致，代理冲突越小；最终控制人的控制权表现出侵占效应，控制权越大，最终控制人利益与中小股东利益越趋于不一致，代理冲突越大；控制权与现金流权分离程度越大，最终控制人利益与中小股东利益越趋于不一致，代理冲突越大。然后，本文结合不完全契约理论和控制权私利理论，综合分析了控制权与现金流权分离影响内部控制有效性的逻辑机理及路径，为后续内容的展开提供了理论基础和说明。（3）在结构安排上，除导论外，本文的主要结构安排分三部分。第一部分为文献综述、制度背景与现状分析，文献综述主要从三个角度对以往的文献进行回顾与总结，并做出简要述评。第一是控制权与现金流权分离的经济后果，第二是内部控制有效性的影响因素，第三是控制权与现金流权分离对内部控制的影响。第二部分为理论基础与分析，通过介绍委托代理理论、信息不对称理论、控制权私利理论为本文打下理论基础，接着进行了理论推理并且提出了研究假设。第三部分为实证分析与总结，运用实证方法对规范研究部分的研究假设进行检验，并进行检验结果分析，得出研究结论，并结合研究结论提出了相关的政策建议。　　本文得出的研究结论如下：（1）最终控制人两权分离与企业内部控制有效性显著负相关；（2）较高的机构投资者持股比例能够促使机构投资者发挥治理效应，抑制控制权与现金流权分离对内部控制有效性的负向影响；（3）较高的金融市场化水平、较好的法制环境等良好的外部治理环境能够抑制控制权与现金流权分离对内部控制有效性的负向影响；（4）进一步研究发现，在外部治理环境较差的地区，较高的机构投资者持股比例能够替代外部治理环境，发挥抑制控制权与现金流权分离对内部控制有效性负向影响的治理作用。