结直肠癌中lncRNA的差异基因与免疫细胞浸润之间的相关性研究

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:orientaladam
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目的:探讨结直肠癌转移相关的长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)和分子机制,研究关键基因在结直肠癌组织中的差异性表达及其对患者预后的影响,并进一步探讨其表达水平与肿瘤微环境中免疫细胞浸润之间的关系,为结直肠癌转移的治疗提供潜在靶点和生物标志物。方法:利用GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中GSE32323,提取其中的lncRNA,同时从TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库下载CRC相关的数据的基因表达信息和临床信息,对数据集进行筛选,通过R软件中的limma包分别筛选两个数据库中具有显著表达差异的基因ln DEGs(Long non-coding RNA Differential Expression Genes),并将差异分析结果绘制韦恩图取并交集;利用基因表达谱在线分析平台GEPIA(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)对差异基因进行生存分析;应用TIMER(Tumor Immune Estimation Resource)数据库分析组织标本中关键基因表达与免疫细胞浸润的关系。结果:GSE32323差异分析筛选出43个ln DEGs,其中上调基因20个,下调基因23个。TCGA差异分析筛选出个425ln DEGs,其中上调基因163个,下调基因262个。取交集后对筛选出的四个基因做生存分析发现HOXC6及CLCA1对CRC的预后是有意义的(P<0.05)。生存分析发现,高表达的HOXC6(homeobox C6)在结直肠癌中提示预后不良(P<0.05),低表达的CLCA1(Chloride Channel Accessory1)在结直肠癌中提示预后不良(P<0.05)。HOXC6表达与常见的体液免疫B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞浸润均呈正相关(r=0.128,P=1.01E-02;r=0.293,P=1.79E-09;r=0.102,P=4.08E-02;r=0.214,P=1.49E-05;r=0.34,P=2.83E-12;r=0.293,P=2.10E-09);CLCA1表达与常见的体液免疫B细胞、CD4+T细胞浸润均呈正相关(r=0.207,P=2.71E-05;r=0.099,P=4.84E-02)。结论:lncRNA差异基因的生物学功能和信号通路与结直肠癌转移的发生发展相关,2个结直肠癌关键基因:HOXC6、CLCA1可能是结直肠癌转移治疗的潜在靶点,且可能成为新的预后标志物,HOXC6的表达水平与结直肠癌肿瘤微环境中的B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞正相关,CLCA1的表达水平与结直肠癌肿瘤微环境中的B细胞、CD4+T细胞正相关。
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