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近几年来,随着人民生活水平的逐渐提高和科学技术水平的不断发展,黑木耳的食用和药用价值得到了人们的广泛认可。随着黑木耳的消费量逐年递增,带动着黑木耳栽培及下游产业的迅速发展。菌种是黑木耳产业的根本,没有好的菌种,将严重制约着黑木耳产业的发展。与其他食用菌育种方式相比,黑木耳的品种选育工作比较落后,很少有杂交品种,目前使用情况较好的菌种都是通过野生黑木耳菌种人工驯化得来的。选育黑木耳新品种已成为发展该产业的重中之重。杂交育种是目前育种方法中最有成效的一个,黑木耳杂交育种都是用从亲本菌株分离得到的孢子单核菌株进行杂交,进而筛选并获得优良菌株。本实验首先选取HW5号和139号两株远源性大的优良菌种作为亲本菌株,然后制备HW5号菌株的原生质体菌株和139号菌株的孢子菌株,利用荧光显微镜和简单重复序列(ISSR)分子标记技术以及酯酶同工酶法来确定菌株单、双核及交配型,分别获得20个孢子单核菌株和2种交配型的原生质体单核菌株,用这两种单核菌株进行配对杂交,共获得6个杂交菌株。进一步通过酯酶同工酶方法证实6个杂交菌株中均表现有不同程度的遗传互补性,共获得37条酶带,1条新增酶带,并用ISSR分子标记技术对杂交菌株进行分析,采用NTSYS2.10e软件计算菌株间的遗传相似系数,然后进行聚类分析。结果表明,6个杂交菌株共分成5类,Z2、Z4在遗传距离上距亲本菌株较远。Z1、Z2、Z4与亲本相比在同工酶和ISSR扩增图谱上有明显优势。通过出耳试验,获得杂交菌株的产量,耳型,抗杂菌能力,商品性能等指标,再进行综合评价,初步得到了优良的具有远源性的杂交Z1。本论文筛选出具有双亲优秀基因的远源性菌株,为下一步能够从杂交菌株中筛选出抗逆性强、品质好、产量高、具有综合优良性状的新菌株打下基础,减少初筛栽培量、提高育种效率,不断满足国内外市场的需求,提高我国菌种的质量,为我国黑木耳产业的长足发展做出贡献。