日本沼虾（Macrobrachium nipponense）,广泛分布在东亚地区包括中国、日本、韩国、越南、缅甸等地,是中国重要的淡水养殖品种。近年来,其年养殖产量超27万吨,年产值约200亿元人民币,具有很高的经济效益。因此开展日本沼虾遗传多样性和种群结构研究对于其种质资源保护和开发利用意义重大。遗传多样性是指生物的遗传变异程度,可以表现在分子、细胞、个体等不同层次上。自然界中,多样性增强了生物适应环境的能力,且绝大多数通过有性生殖繁殖的生物,其种群内的个体之间不存在完全一致的基因型,这些具有不同遗传结构的个体组成了种群,对种群的遗传多样性研究可以为物种改良和种质保护提供重要的理论依据。水产动物遗传多样性研究多采用DNA分子标记技术,常用的标记有RAPD、AFLP、SSR等。线粒体DNA（mtDNA）D-Loop序列由于不编码蛋白质而不受自然选择的影响,因而进化速率最快,积累了较多的突变,在种群遗传学分析中有普遍应用。本文采用线粒体DNA控制区（D-loop）,系统地分析了中国从南到北不同纬度8个日本沼虾群体的多样性和遗传结构特征。采集的群体包括:松花江群体（SHJ）、黄河群体（HHX）、长江群体（YZ）、珠江群体（ZJ）、微山湖群体（WSH）、太湖群体（TH）、博思腾湖群体（BH）和万泉河群体（WQH）。对上述8个群体168个样本的日本沼虾线粒体D-loop基因进行分析,分别提取个体总DNA,通过线粒体DNA D-Loop基因片段进行扩增,并将产物进行测序。共有144个样品测序成功。通过比对和人工校对后共有1130bp的序列用于进一步的分析。研究结果表明,在1130bp的D-loop环中,有239个突变位点,产生73个单倍型。结果显示A+T（79.04%）的含量高于C+G（20.95%）,表明线粒体基因组D-loop区域的A+T含量高于C+G。群体单倍型多样性排序为:WQH（0.9810）>YZ（0.9571）>WSH（0.9429）>ZJ（0.8901）>SHJ0.8791)>HH0.8693)>TH（0.8667）>BH（0.3684）;核苷酸多样性排序 为:WQH（0.0607）>YZ（0.0299）>SHJ（0.0236）>WSH（0.0221）>TH（0.0132）>ZJ（0.0131）>HH（0.0118）>BH（0.0011）,表明仅有博思腾湖群体遗传多样性很低,其余7个群体遗传多样性均很丰富,特别是万泉河群体多样性很高。另外,8个群体的群体内遗传距离的范围为0到0.06,两两群体间的遗传距离为0.014到0.102。两两群体间遗传分化指数（FST）值显示,WSH群体与TH群体、HH群体、ZJ群体分化不显著（P>0.05）,其余两两群体间差异达到极显著水平（P<0.01）,说明8个日本沼虾群体遗传分化十分明显（P<0.01）。基因流（Nm）也证明,WSH群体与TH群体（11.057）、HH群体（7.226）、ZJ群体（6.255）基因交流比较丰富。本文对日本沼虾的系统发育和种群结构进行了分析。在研究中,通过构建ML系统发育树,结果显示73个单倍型分为不同的两大支系,每支存在不同分支。仅有博思腾湖群体（BH）的所有单倍型聚在一起,其余群体的单倍型均分散在不同支系,表明BH群体内遗传差异很低,而其他群体内差异较高。Network结果与系统发育树结果一致。错配分布分析显示所有8个群体呈现多峰分布。通过Fu’s Fs检验和Tajima’D检验发现,8个群体均为非显著性负值,推测日本沼虾群体种群可能没有经历种群的扩张。本研究系统地从南向北调查了中国日本沼虾种群的遗传多样性和种群遗传结构特征,研究结果可为日本沼虾种质资源保护和开发利提供有力的依据。