基于高通量测序和降解组测序的野生大麦miRNA的鉴定与分析

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野生大麦(Hordeum spontaneum)作为栽培大麦(Hordeum vulgare)的祖先,有着极强的生态适应能力,可在高纬度,高海拔,恶劣气候,贫瘠土壤等环境中生存。野生大麦具有广泛的遗传基础,复杂的群体结构,及响应生物非生物逆境的能力,对栽培大麦种质的改良及全球气候变暖的情况下确保粮食安全有着重要意义。微小RNA(miRNAs)是一类在转录后水平调控各种生物代谢过程的内源性RNA,参与生物的生长发育和各种代谢活动,并参与植物对外界环境胁迫的应答和病害防御。在过去数年间,许多主要农作物的miRNA都被鉴定出来。然而,野生大麦的miRNA的信息却非常有限。本研究结合illumina二代测序、降解组测序和qPCR验证来研究野生大麦体内miRNA表达谱。取得的主要结果如下:1)混样建库后利用solexa测序,在去除接头,低质量等序列后,与miRBase数据四个物种(二穗短柄草、小麦、大麦、水稻)miRNA比对,共检测到了 131个家族的216个保守miRNA,这些序列长度主要集中在21nt,且序列的5’端多为U起始。通过与几个近缘物种已鉴定的miRNA比较,我们发现miRNA在禾本科不同种之间存在一定的同源性。2)利用Mireap软件,整合大麦基因组和miRNA,通过对对未注释的miRNA前体二级结构以及自由能评估获得了 29个novel miRNA.3)对上述鉴定到的保守和novel miRNA我们进行了靶基因GO注释以及KEGG代谢路径分析,我们发现miRNA参与调控的靶基因参与诸多过程,诸如生物合成,代谢过程,细胞分化、凋亡,胚胎发育,环境胁迫等过程,由此表明miRNA的表达能够响应植物的生长发育和应答反应。4)通过与前人栽培大麦miRNA比较,我们发现野生与栽培大麦miRNA表达谱既有相似的部分也有差别的部分,这为我们探究两者之间关系,改良栽培大麦大麦性状品质以及抗逆性都有重要意义。5)通过降解组数据,我们证实了 21 miRNA的34个靶基因,通过qPCR,我们证实了 7 个保守 miRNA(miR2096,miR2927,miR5071,miR5049,miR5144,miR6190,miR6205)以及4 个大麦novelmiRNA(n-miR40,n-miR52,n-miR98,n-miR137))共11个miRNA。利用qPCR不但验证了 novel miRNA的存在,也证实了上述miRNA的相对表达值。通过本研究我们获得了野生大麦miRNA的表达谱,通过结合生物信息学、降解组以及qPCR我们证实了测序结果的可信性也验证了 miRNA靶基因的功能,为今后栽培大麦的相关研究提供了依据。
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