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奶及奶制品营养丰富，易于消化吸收，几乎是一种完美食品。而奶类制品也容易受到微生物的污染，在降低其营养价值和风味的同时，也会造成食用者发生食物中毒、病菌感染等严重后果，尤其易对免疫力低下的婴幼儿和老人造成危害。沙门氏菌是一类广泛分布于自然界，并寄生在人和动物肠道中，对人和畜禽健康造成极大危害的革兰氏阴性致病菌。其菌属型繁多，可引起人类食物中毒或败血症。在世界各地的食物中毒病例中，由沙门氏菌引起的食物中毒事件位居前列，已严重威胁着消费者的身体健康，造成了巨大的经济损失。本研究对我国华北、西北、中南三大地区原料奶中微生物污染情况进行了分析与鉴定，主要包括菌落总数、大肠菌群和沙门氏菌的检测，并结合ERIC-PCR分子生物学手段建立不同地区原料奶的DNA指纹图谱，以期为牛奶溯源提供一定的依据。 本研究采用国标的方法进行微生物检测。结果表明：（1）从细菌总数来看，西北地区奶源质量最好，奶源合格率达87％，其次是华北地区，合格率达81%。中南地区奶源质量较差，合格率仅有32%。（2）从大肠菌群数来看，不同地区奶源受粪便污染程度不同，奶源质量差别较大。总体而言，与总菌调查结果基本一致，西北和华北地区奶源质量较好，中南地区质量较差。对于同一地区，不同原料奶样品之间有的也存在较大差异，大肠菌群数从低于3.0 MPN/mL-高于1100 MPN/mL不等。原料奶质量参差不齐。（3）沙门氏菌地区分布不均，华北地区未检出，西北地区共检出2株，中南地区共检出4株。（4）为得到清晰高质量的图谱，本课题还对 ERIC-PCR反应条件进行了优化。主要从退火温度、Mg2+浓度、引物浓度以及Taq酶浓度四个条件进行。从而确定最佳条件为：退火温度52℃、Mg2+浓度2mM、引物浓度0.24μM、Taq酶浓度2.5U。（5）在此基础上建立了不同地区原料奶的ERIC-PCR DNA指纹图谱。对两个地区原料奶DNA指纹图谱进行综合分析，得出结论：地理位置距离较近亦即相近地域不同原料奶样品微生物群落组成结构相似性较高，存在一定优势菌群；距离较远则相似性较低。