近年来，区域创新系统已经成为被广泛认可的一种为制定创新政策提供重要基础的分析框架，因此，在建设区域创新系统时，各区域需要结合自身的条件，充分发挥自身独特优势。地方政府作为推动区域经济发展的重要力量，是区域公共政策选择和制度创新的第一行动集团。但由于种种原因，地方政府在区域公共政策选择和制度创新过程中往往存在偏差，导致变异行为，如地方主义、短期行为等。所以地方政府要科学实施区域公共政策选择和制度创新，着力为区域创新活动提供创新的环境，营造创新的氛围，通过激励性政策、引导性政策、保护性政策、协调性政策等，从宏观上为区域创新创造制度上的条件，从而促进区域经济的发展。本文在查阅了大量国内外关于区域创新系统和政府行为文献的基础上，围绕选题对有关区域创新系统现有的研究成果进行总结与评述，重点关注了区域创新系统和政府行为的含义及其相关概念的界定和最新的研究成果，从理论上把握区域创新系统的运行规律与特征。结合具有区域创新系统运行不同典型特征的地区实际对比验证这些区域地方政府的行为侧重，表明由于区域创新系统所依托地区的经济发展成熟程度等要素的不同，地方政府的行为及其定位就应有所不同，为后文的研究提供了实证依据。通过分析区域创新系统绩效的内涵与特点、构成要素，提出了区域创新系统绩效评价指标遴选的原则，构建起区域创新系统绩效评价体系，指明区域创新系统绩效影响要素中涉及地方政府的指标，并对区域创新系统绩效评价体系进行测试和确定。实际验证我国的31个省市和地方的创新系统绩效，分析其创新系统各自的特点。在此基础上，结合区域创新系统分类，总结出各种区域创新系统绩效的主要制约因素：欠发达地区创新网络关系断裂，老工业基地组织机构欠缺，大城市区域创新能力锁定等，并据此找到地方政府相应的行为定位及可以采取的行为，从地方政府的角度寻找克服这些障碍的有效途径，将欠发达地区地方政府行为定位为创新主体参与创新，老工业基地地方政府作为创新支持引导创新，大城市地方政府作为创新后备支持创新等。并对这些行为的实施效果提出评估办法，为促进地方政府有效的提高区域创新系统绩效提供借鉴。在此基础上，分析区域创新系统的系统动力学性质，提出了构建区域创新系统系统动力学模型的步骤，并逐步实施。结合前文的研究和实际情况，提炼精简出三类地方政府行为(参与创新、引导创新、支持创新)的系统动力学模型，即行为机理，通过计算机模拟政策的运行，试图找到合理的地方政府行为空间、方式和程度。利用博弈论相关方法研究减少地方政府负外部性的有效途径，对前面的地方政府行为机理研究做出有益补充。基于委托—代理问题模型分别研究地方政府和企业的委托—代理关系、地方政府R＆D的激励机制设计与代理成本分析，基于不完全信息下的静态博弈分析中央政府与地方政府间的政策倾斜应对策略，以及同一区域创新系统中的同级地方政府间的行为应对，找到区域创新系统中地方政府行为效益最大化的有效途径，地方政府和中央政府都要实施对政策实施对象的实施过程和实施效果的监控。最后，基于全文的研究提出提高我国区域创新系统中地方政府行为的效率有关建议，借以促进我国区域创新系统的良性发展。