2005年底,我国开始实行技术创新引导工程,并于2006年4月启动了创新型企业试点工作。至今为止,我国已经评选出四批国家级和省级创新型企业。在我国“十二五”规划中,国家将建设创新型国家作为发展目标,将建设创新型企业纳入建设重点项目,并投入大量资金支持创新型企业快速发展。合理的薪酬激励有利于激励创新型企业管理层和知识型员工为提高企业绩效、提升企业价值而努力工作。目前,我国创新型企业主要侧重对管理层进行薪酬激励,针对知识型员工的薪酬激励相对较少。激励方式主要以短期薪酬激励为主,综合实施长短期薪酬激励的比较少。管理层是企业的主要决策者,知识型员工是企业发展的核心力量。创新型企业薪酬激励是否有效、有效程度如何直接影响管理层和知识型员工是否能够付出最大努力为企业发展做出最大贡献。结合国内外与薪酬激励有效性相关的文献研究,以创新理论、激励—保健理论、委托—代理理论、人力资本理论、公平理论作为支撑,以创新型上市公司为研究样本,以薪酬额度最高的前三名管理层平均薪酬和知识型员工平均薪酬为切入点,对创新型企业薪酬激励及其有效性的现状进行深入剖析。恰当选择薪酬激励变量—前三名管理层平均薪酬、知识型员工平均薪酬,绩效水平变量—净资产收益率、每股收益、托宾Q和控制变量—企业规模、资产负债率,运用多元线性回归分析方法对创新型企业薪酬激励有效性进行实证分析,研究发现：综合实施长短期薪酬激励的创新型企业的长期薪酬激励的激励有效性大于单纯实施短期薪酬激励的激励有效性。对创新型企业薪酬激励有效性进行研究,有助于改善创新型企业薪酬激励不利的现状,提升管理层和知识型员工工作的积极性,促进企业绩效水平提升,在一定程度上丰富公司治理理论、企业薪酬激励理论。根据实证分析结果,结合理论分析,就如何完善创新型企业薪酬激励有效性以促进企业可持续发展提出了相关建议：合理调整薪酬激励期限结构、加大针对知识型员工的薪酬激励力度、完善公司治理结构、培养稳定有效的资本市场。