微生物驱动的反硝化型厌氧甲烷氧化（Nitrite-Dependent Anaerobic Methane Oxidation,N-DAMO）偶联碳氮循环,对缓解全球温室气体的排放有重要作用。内蒙古高原锡林河湿地是我国畜牧业发展的生态屏障和温室气体的主要排放源,但关于锡林河湿地不同地形单元以及牲畜粪尿污染区N-DAMO菌的研究鲜见报道。本研究以锡林河湿地河床中心XRW-RC、河床边缘XRW-RS、低河漫滩XRW-LF、高河漫滩XRW-HF以及牲畜粪尿局部污染的积水区XRW-MA等不同地形单元为研究对象,采用16S rRNA和pmoA基因克隆测序及实时荧光定量PCR技术,通过生物信息学方法,对N-DAMO细菌的系统发育、群落组成、丰度及多样性的空间分布特征进行研究。研究结果如下:（1）基于16S rRNA基因,5个样点共获得有效序列255条,以3%的差异性水平划分35个OTUs,与N-DAMO已知菌Candidatus Methylomirabilis oxyfera的相似度为83%⁹8%,说明N-DAMO菌存在于锡林河湿地不同地形单元。（2）基于pmoA功能基因,河床边缘XRW-RS、牲畜粪尿污染区XRW-MA及低河漫滩XRW-LF共获得有效序列83条,以2%的差异性水平划分8个OTUs,与N-DAMO已知菌Candidatus Methylomirabilis oxyfera相似度为83%⁹8%,进一步说明N-DAMO细菌存在于锡林河湿地。（3）RDA分析表明,NO₃^--N、pH是影响N-DAMO细菌群落结构及多样性最重要的环境因子。（4）实时荧光定量PCR显示,不同样点N-DAMO细菌的16S rRNA基因丰度为8.92×10⁶⁴.61×10⁷,其中牲畜粪尿污染区XRW-MA最高,高河漫滩XRW-HF最低。Pearson相关性分析表明N-DAMO细菌16S rRNA基因丰度与NO₃^--N呈极显著正相关关系（p<0.01）,与含水率WC呈显著正相关关系（p<0.05）,与pH呈显著负相关关系（p<0.05）。与TN、TP、TOC、NH₄⁺-N之间的相关性不显著（p>0.05）。