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隐孢子虫(Cryptosporidium)、毕式肠微孢子虫(Enterocytozoonbieneusi)和蓝氏贾第虫(Giardia lamblia)是重要的人畜共患的肠道原虫病,不但可以引起肉牛腹泻,影响肉牛的生产性能,制约着经济的发展,还会对人类健康造成威胁。目前,关于这三种肠道原虫在肉牛种群中的基因型、宿主特异性和感染情况在河北地区鲜有报道。我们从2018年4月到2018年12月从承德、沧州、秦皇岛、石家庄、唐山和廊坊6个地区共采集了718份粪便样本,利用巢式PCR技术基于其不同基因分别对河北部分地区肉牛的Cryptosporidium、E.bieneusi和G.lamblia感染状况进行了调查,分析并确定其种群结构,获得以下结果:1.利用18S rRNA基因对隐孢子虫进行检测,718份样本中总感染率为9.2%(66/718)。秦皇岛地区感染率最高为12.0%,各地感染率差异不显著(P=0.242,P>0.05)。夏季感染率最高为11.8%,各季节差异不显著(P=0.213,P>0.05)。对66份阳性样本进行测序,序列分析后共鉴定出3个隐孢子虫有效虫种,安氏隐孢子虫(C.andersoni)为我省优势虫种,阳性率最高,为72.7%(8/66),其次是微小隐孢子虫(C.parvum)15.2%(10/66)以及鼠隐孢子虫(C.muris)9.1%(6/66)。其中,C.parvum为人畜共患虫种,秦皇岛、承德和沧州均存在C.parvum的感染。2.利用ITS基因对毕式肠微孢子虫进行检测,总感染率为8.6%(62/718)。秦皇岛地区感染率最高为10.6%(222/247),各地感染率差异不显著(P=0.263,P>0.05)夏季感染率最高为11.0%,各季节差异不显著(P=0.213,P>0.05)。对62份阳性样本进行测序,序列分析后共鉴定出了7个基因型,其中基因型J为本省优势基因型,阳性率为77.4%(48/62)。其次为基因型BEB4感染率为6.5%(4/62),CHC8感染率为4.8%(3/62),EbpC、I和D感染率同为3.2%(2/62),BEB6感染率为1.6%(1/62)。其中,基因型D和EbpC为人畜共患基因型,秦皇岛地区存在基因型D和EbpC的感染。3.利用GDH基因对蓝氏贾第虫进行检测,总感染率为5.2%(37/718)。秦皇岛地区感染率最高,为6.9%(15/217),各地感染率差异不显著(P=0.263,P>0.05)。夏季感染率最高为7.5%,各地感染率差异不显著(P=0.263,P>0.05)。对37份阳性样本进行测序,检测到了两个集聚体类型,集聚体E为我省优势虫种,阳性率最高为81.1%(30/37),集聚体A为19.0%(7/37)。其中,集聚体A为人畜共患虫种,秦皇岛、沧州两地均存在集聚体A的感染。