行政诉讼判决是行政诉讼法制度的核心,行政诉讼法律条文均是围绕能否作出公正、合法和合理的判决进行规定的。行政协议案件判决方式作为行政诉讼判决制度的组成部分,其完善与否将影响法官对行政协议案件的审判,关系到行政协议纠纷的解决,甚至会导致无法实现行政诉讼法解决行政争议的立法目的。现行《行政诉讼法》虽将因行政协议引发的争议纳入行政诉讼的范畴,但人民法院在审理行政协议案件时仍面临实体法缺失的问题。《关于审理行政协议案件若干问题的规定》的出台,明确六类原告提起行政协议诉讼的诉讼请求,增设针对行政协议案件的撤销行政协议判决、确认行政协议无效判决、确认行政协议未生效判决、解除行政协议判决等判决方式,一定程度上弥补了行政协议立法缺失问题,对于解决困扰行政协议审理实践的审什么、如何审、如何判等难题具有重要意义。然而,通过对该规定的研究以及行政审判案例的梳理,认为还存在未明确行政协议案件是否适用一般行政诉讼案件判决方式、行政协议案件判决方式不全面无法回应解决纠纷需求、行政协议案件判决方式适用条件不清晰等主要问题。结合司法实践经验、学界成果、域外立法经验,提出要通过划分行政协议案件判决方式的类型、明确行政协议案件判决方式的适用条件及适用情形、增设行政协议案件判决方式的种类等途径完善行政协议案件判决方式,保证行政机关依法行政,更好地保护行政管理相对人合法利益,保证司法公正。