克氏针茅（Stipa krylovii Roshev.）隶属禾本科（Gramineae）针茅属（Stipa）,多年生旱生草本植物,是欧亚典型草原的主要建群种,因其适应干旱的环境,分布范围广,并且是连接东西部草原及针茅近缘种的桥梁,开展克氏针茅谱系地理学研究,对探究温带典型草原的发生与进化过程,丰富干旱-半干旱区草本植物的谱系地理学理论,以及针茅草原的生物多样性保护有重要意义。本研究利用3个叶绿体DNA片段（rbcL,trnL-F,trnH-psbA）分析了蒙古高原、青藏高原及新疆的天山和阿尔泰山30个克氏针茅居群共372个个体的谱系地理结构、遗传多样性、谱系分化时间及其种群动态历史,结合物种分布区模型（MAXENT）探讨了第四纪冰期克氏针茅潜在避难所及其冰后期的迁移扩张路线。主要的结果如下:1)30个克氏针茅居群叶绿体联合数据检测出12个变异位点,9种单倍型,在叶绿体基因水平上,克氏针茅有较低的居群间遗传分化(G_ST=0.12)和较高的基因流（Nm=1.84）,遗传多样性较低（H_T=0.225,H_S=0.206）,遗传变异来源主要是在居群内。2)克氏针茅的遗传距离与地理距离无显著相关性,克氏针茅谱系分化较小,没有明显的谱系地理结构(G_ST=0.109,N_ST=0.084,p>0.05)。3)晚第三纪是克氏针茅分化的重要节点,谱系共祖分化时间为2.77Ma,在1.91Ma单倍型内部开始分化,H8单倍型在1.08Ma开始分化。4)克氏针茅种群在0.28M间冰期经历过扩张;在末次盛冰期时发生大规模的南迁。阴山、祁连山、阿尔泰山等山地在冰期时形成连续的避难所,为克氏针茅在间冰期向北迁移提供了种源;末次盛冰期后向蒙古高原有大规模的种群扩张,到全新世中期形成和现代相近的分布格局。