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茶树是我国的一种重要经济作物。近年来，随着产业技术创新和人们生活水平提高，茶树品质育种日益受到重视。但茶树的重要品质性状大多为复杂的数量性状，受微效多基因和环境的共同作用，对其进行遗传改良十分困难；并且茶树作为多年生异交木本作物，世代周期较长、遗传背景复杂，使用传统育种方法进行新品种选育，效率较低。利用分子标记技术进行遗传图谱构建和数量性状位点（QTL）定位，找到与目标性状紧密连锁或共分离的分子标记，借助标记辅助选择可以极大地缩短育种周期、提高育种效率。本研究以茶树变种间杂交构建的F1分离群体，采用微卫星（SSR）标记技术和简化基因组测序技术，结合“拟测交”策略分别构建双亲遗传图谱以及双亲整合图谱，并对控制茶树新梢咖啡碱和可可碱含量、以及芽叶形态等性状的QTL进行了定位分析。主要研究结果如下：1.对dbEST数据库的8008条茶树表达序列标签（EST）序列进行拼接，获得2982个unigene，利用SSRIT软件在462个unigene中搜索到561个SSR位点，检出率为15.5%；包含二、三核苷酸重复基元的SSR出现频率最高，分别占总数的45.5%和19.1%；根据SSR位点两侧保守序列成功设计213对引物，经过筛选后，最终获得104对能够扩增出目的条带的EST-SSR引物。2.利用亲本和6个F1群体单株对不同来源的1464对SSR引物进行初筛，共筛选出424对能够检测到多态性的引物，占总数的29%，其中EST-SSR421个，基因组SSR3个；多态性引物中母本信息来源位点70个（16.5%），父本信息来源位点168个（39.6%），双亲信息来源位点186个（43.9%）；将多态性引物用于F1群体分析，卡方检验结果显示有130个（30.7%）位点的基因型频率偏离预期的孟德尔频率。3.采用特异性长特扩增特段测序（SLAF-seq）技术对亲本和150个F1单株进行简化基因组测序，获得130.35M reads，聚类分析后共形成101091个单核苷酸多态性（SNP）标签，其中25014个具有多态性，占总数的24.7%；对多态性标签进行基因型分析，过滤父母本信息缺失、完整特过低和不适合F1群体作图的多态性标签，最终获得6042个有效的SNP位点；按分离类型，选择800个SNP标记用于F1群体分析，其中母本信息来源位点289个（36.1%），父本信息来源位点276个（34.5%），双亲信息来源位点235个（29.4%），卡方检验结果显示有164个（20.5%）位点的基因型频率偏离预期的孟德尔频率。4.采用“拟测交”策略分别构建双亲遗传图谱，其中母本遗传图谱包含15个连锁群，577个标记（SSR，226；SNP，351），总覆盖遗传距离1427.4cM，平均图距2.5cM，连锁群长特范围73.8cM-115.0cM；父本遗传图谱包含739个标记（SSR，313；SNP，426），分属于15个连锁群，图谱总长1488.1cM，平均图距为2.0cM，连锁群长特范围73.2cM-126.7cM；利用同源位点进行双亲图谱整合，最终得到的整合图谱共15个连锁群，与茶树染色体数一致，包含1101个标记（SSR，373；SNP，728），图谱覆盖基因组长特1632.8cM，相邻标记间最大距离19.6cM，最小间距0.1cM，平均图距为1.5cM，连锁群长特范围80.2cM-184.8cM。5.对亲本及F1群体的6个重要性状进行连续两年的鉴定，统计分析表明所有性状在亲本间存在显著差异，在F1群体中呈连续变异，近正态分布，且存在明显的双向超亲分离。利用整合双亲整合图谱，结合两年表型数据，采用restricted MQM复合区间作图法共检测到18个控制相关性状的主效QTL，单个QTL贡献率10.7%-23.0%，其中位于第5连锁群上控制咖啡碱含量的QTL位点和位于第7连锁群上控制叶形指数的QTL位点比较稳定，在两年及两年联合分析中都能检测到。