本文深入研究了当前化学信息管理系统和虚拟筛选系统的发展现状及其存在的问题,分析了现有的化学信息学软件技术及虚拟筛选工作流程,针对现如今新药研究周期长、效率低这一现状,采用Java软件技术,集中研究并实现了基于TCP的Socket的跨平台数据通讯通方法,从而为现有化学信息管理系统MDL ISIS/BASE与LINUX集群上的虚拟筛选系统DOCK/Pocket搭建了一条可靠、有效的跨平台数据通讯通道,并在Windows平台下构建了易于被用户操作的可视化平台——ChemManager系统,从而使分布在Unix、Linux和Windows等不同操作系统平台下的化学信息学软件能协同工作,将虚拟筛选的操作过程Dock、Pocket整合到Windows下,实现了MDL数据、DOCK和Pocket虚拟筛选过程的可视化管理,方便化学科研人员的操作过程,提高了计算机药物辅助过程的可靠性和工作效率,方便研究工作的开展。