自1998年起，国家开始陆续放开棉花这一专项物资的流通，中国棉花产业真正融入了市场经济。在整个棉花产业链中的棉花加工行业，起着承上启下的重要作用，上接农产品生产者，下接棉纺轧油等多个环节，带动着上游的棉花生产和下游的纺织行业蓬勃发展。　　随着开放经济的快速发展，近十年来，新疆棉区、黄淮流棉区和长江流域棉区等很多地方靠发展棉花产业走上了致富路。棉花生产能力大幅提升、纤维品质明显改善、产业链条不断延伸、经济效益显著提高、政策惠农促产业良性发展，细究这些良性发展的变化，可以说在生产环境的直接影响因素之外，还与国家加大各项扶持政策的倾斜力度、加强各项政策的优惠有着密不可分的关系。　　新疆维吾尔自治区阿克苏地区是国家确立的重点商品棉生产基地之一，全地区棉花产量约占全国棉花总产量的1/9，占全疆总产量的1/3，其中长绒棉的产量占全国总产量的95％以上。基于棉花这样一系列优势资源，阿克苏根据本地的主要优势和特点，立足于潜在资源的开发利用，制定了以棉花为支柱产业，带动相关产业协调发展，把资源优势转化为经济优势的发展战略。经济是税收的基础，棉花产业税收征管也逐渐成为新疆国税税收征管的一个重要组成部分。近几年来，阿克苏地区国税系统针对棉花产业加强了税收征管，并取得了一定成绩，随着本地棉花行业的不断发展，棉花资源整合进程的加快，我在对于现行棉花加工行业税收征管实践与税收政策进行深入研究探讨后形成本文。　　本文从全国棉花加工行业概况入手，以新疆阿克苏地区这一全国重点商品棉生产基地税收征管现状为例，对棉花加工行业的概况、税负、税收征管难点、现行税收政策缺陷和执行中的困扰展开详细的阐述和分析，结合实际工作情况提出:如何在日常税收征管中既起到积极引导企业健康发展、同时又做到税收应收尽收这两个方面双赢的局面;如何加强征管、堵塞漏洞;如何在企业充分享受国家税收优惠政策的前提下，详细了解企业在日常管理、核算、生产、经营各方面的情况，发现企业在管理、核算上的漏洞，极力纠正企业核算与税法的差异，彰显税法刚性;在对棉花加工行业这一整个产业链的税收管理方面，如何运用税收征管的手段规范企业行为;通过对现行棉花加工行业税收政策的缺陷进行深入细致的分析，以及现行政策在日常工作执行中遇到的问题与难点，分析行业税负偏低的主观与客观成因。　　本文就以上问题结合现实工作实际，对棉花加工行业开展深入了解与调研，研究税企双方、征纳双方的管理难点与矛盾，对这一行业税收管理提出征管及政策方面的可行性建议。