单叶蔓荆（Vitex rotundioflia L.f.）是固沙先锋植物,具有重要的生态价值;其果实与同属植物蔓荆（V.trifolia L.）的果实统称为蔓荆子,为《中国药典》所收录的常用中药。近年来,由于自然环境的变化和其生存环境遭受人为的破坏,野生单叶蔓荆种群数量急剧下降,因而该物种亟需保护。目前单叶蔓荆的研究主要集中在药理方面,对其遗传结构的研究甚少,不利于该物种的保护。海岛的植物物种多样性丰富、受人为干扰少,是研究进化的热点,而单叶蔓荆广泛分布于海岛,因此海岛是研究单叶蔓荆遗传结构的理想场所。为此,本研究对青岛周边五座海岛上的单叶蔓荆进行叶绿体基因与核基因扩增,加上已有不同纬度带的序列,共对14个单叶蔓荆群体和1个蔓荆群体进行谱系地理学分析;同时,利用物种分布模型,推测单叶蔓荆分布区变化规律。综合二者结果推断单叶蔓荆遗传格局的成因,为种质资源的保护提供理论依据。主要研究结果如下:（1）992 bp的叶绿体基因片段共检测到39个变异位点和12种单倍型。其中包括7个单叶蔓荆独有单倍型,1个蔓荆独有单倍型,4个共享单倍型,祖先单倍型H11只在海南群体和青岛五座海岛的群体中出现。263 bp的核基因序列检测到6个变异位点和4种单倍型,包含2个单叶蔓荆独有单倍型,2个共享单倍型,祖先单倍型是广布单倍型。（2）基于叶绿体基因进行分析,结果显示单叶蔓荆总遗传多样性HT=0.782,种群内遗传多样性Hs=0.532,单倍型多样性Hd=0.699,核苷酸多态性π=0.00476。海岛群体和其余10个群体存在显著的遗传分化。基于核基因进行遗传多样性分析结果显示,单叶蔓荆总遗传多样性HT=0.571,种群内基因多样性Hs=0.460,单倍型多样性Hd=0.328,核苷酸多态性π=0.00132。（3）基于叶绿体基因和核基因进行分析均显示,单叶蔓荆群体间无谱系地理结构（Nst＜Gst）,遗传变异主要发生在种群内部。Mantel test和MMRR检测均显示地理距离和遗传距离没有显著的相关性,地理距离和环境因子均不是影响单叶蔓荆遗传分化的作用力。中性检验和错配分布曲线结果均表明单叶蔓荆近期未经历种群扩张。利用BEAST估算出单叶蔓荆与蔓荆的分化时间大致在2.295-3.484 Ma。（4）生态位模型预测结果显示,末次间冰期时,单叶蔓荆适生区最大,除沿海地区外,内陆多地也适合单叶蔓荆生长。到了末次盛冰期时,内陆的适生区范围大幅度减小,适生区主要集中在当时的海岸带上。进入全新世后海水上涨,单叶蔓荆的适生区向内陆转移,海岛由于地势较高进而使得单叶蔓荆得以保留。当时的适生区主要集中在当时的海岸带以及中国部分内陆地区。全新世后海水退去,部分适生区随海水往现代海岸线迁移,逐渐形成了如今的分布格局。本研究发现,海岛上的单叶蔓荆保留了较高的遗传多样性。结合单倍型地理分布图和生态位模型预测结果,可推测单叶蔓荆存在多个冰期避难所。如今遗传格局的形成是海陆变迁和洋流共同作用的结果。