知识经济时代,自主创新能力已关系到一个企业乃至国家的持续发展,世界各国逐渐意识到创新的重要性。由于企业是自主创新的主体,研究其自主创新产出对企业绩效,进而研究公司治理对自主创新,企业绩效的影响的经验证据,对建设我国创新型国家,指导企业正确制定自主创新战略、提高企业自主创新能力和改善公司治理机制均具有重要的现实意义。专利是目前衡量创新产出最合适的一个指标,大量文献要么采用专利申请数,要么采用专利授权数来衡量自主创新。因此本文将授权专利作为自主创新的产出指标,净资产收益率、托宾Q值作为企业绩效的衡量指标,高管人员是否持股作为公司治理变量,以制造业上市公司为研究范围,最终筛选出58家机械设备制造业上市公司为研究样本,以2001年至2008年为时间窗口,分别对三种类型的累计专利与企业绩效的关系,高管人员是否持股对自主创新,企业绩效进行实证分析。研究结果表明,我国机械设备制造业上市公司三种授权累计专利中,实用新型专利有利于提升企业后续净资产收益率;发明专利有利于提升企业当期及后续的市场价值。其中,在原始数据的描述性统计中,实用新型和外观设计授权专利对企业绩效的影响更大,而授权的发明专利的累计专利对企业绩效的影响则更小。本文初步分析时采用单期的专利与绩效的回归系数来判断是否存在滞后影响的分析方法,结果当期的专利与企业绩效没有任何的影响;接下来我们研究累计授权专利对企业绩效的影响,结果发现不同类型的专利对不同指标的企业绩效存在不同的滞后影响,却没有得出一致的滞后期数。同时,本文实证结果还证明,高管人员是否持股对企业的自主创新,企业绩效没有显著性关系,但是相比而言,高管人员持股的企业,其自主创新的能力都比高管人员没有持股的企业好,而高管人员持股的企业,其企业绩效与高管人员没有持股的企业没有什么明显规律。最后,根据本文的研究结论,作者提出改善企业专利产出水平、提高企业自主创新能力,改善高管激励的政策建议。